文件名称：oncokb-annotator:使用OncoKB注释对MAF中的变体进行注释
文件大小：47KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 23:24:17
Python
更新：我们现在在注释过程中包括诊断含义和预后含义 更新：需要API令牌，请参阅以获取更多信息 癌基因注释子 地位 安装依赖项 对于python 3 pip install -r requirements/common.txt -r requirements/pip3.txt 对于python 2.7 pip install -r requirements/common.txt -r requirements/pip2.7.txt 用法 输入文件示例位于下。 此处是一个示例脚本： 货币基金组织 使用OncoKB注释对MAF（ ）中的变体进行注释。 同时支持python2和python3。 使用python MafAnnotator.py -h在命令行上获取更多详细信息。 我们建议通过处理VCF文件与使用前MafAnnotator这里。 非典型改变 您仍然可以使用MAF格式来注释非
【文件预览】：
oncokb-annotator-master
----.gitignore(1KB)
----AnnotatorCore.py(63KB)
----example.sh(2KB)
----test_Annotation.py(10KB)
----GenerateReadMe.py(1KB)
----data()
--------example_fusions.txt(240B)
--------example_maf_grch38.txt(1KB)
--------example_clinical.txt(188B)
--------example_atypical_alterations.txt(474B)
--------example_maf.txt(2KB)
--------example_cna.txt(116B)
----MafAnnotator.py(6KB)
----LICENSE(34KB)
----CnaAnnotator.py(3KB)
----OncoKBPlots.py(3KB)
----.github()
--------release-drafter.yml(846B)
--------workflows()
----README.md(12KB)
----FusionAnnotator.py(3KB)
----test_AnnotatorCore.py(5KB)
----requirements()
--------common.txt(17B)
--------pip3.txt(36B)
--------pip2.7.txt(50B)
----ClinicalDataAnnotator.py(2KB)
----.editorconfig(848B)