文件名称：VarAnnoFastJ：用于变体注释的python工具
文件大小：681KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-13 04:40:19
Python
VarAnnoFastJ VarAnnoFastJ是用于精确变体注释的python工具。 安装 要求 Python> = 3.7 numpy的> = 1.17.3 熊猫> = 1.1.4 gffutils> = 0.10.1 git clone https://github.com/BaoCodeLab/VarAnnoFastJ cd VarAnnoFastJ python setup.py install 运行VarAnnoFastJ 用法：VarAnnoFastJ.py [-h] {预处理，snp，插入/删除} 命令行用法 -h, --help Show the help message. preprocess Preprocessing of gene annotation files. snp Annot
【文件预览】：
VarAnnoFastJ-master
----annolib()
--------indels.py(15KB)
--------parseGtff.py(10KB)
--------__init__.py(1B)
--------preprocess.py(172B)
--------gbk2seqGene2.py(8KB)
--------snps.py(17KB)
--------README.md(1B)
--------parameters2.py(3KB)
----LICENSE(34KB)
----setup.py(486B)
----README.md(4KB)
----varanno.py(190B)
----annodic()
--------AP53.rast.anno2.CDSseq.dic(1.63MB)
--------AP53.rast.anno2.pseudo.dic(1KB)
--------AP53.rast.anno2.rnaSeq.dic(36KB)
--------AP53.rast.anno2.mol.dic(3KB)
--------AP53.rast.anno2.contg.dic(108KB)
--------AP53.rast.anno2.CDS.dic(194KB)
--------README.md(1B)
--------AP53.rast.anno2.gene.dic(158KB)
--------AP53.rast.anno2.RNA.dic(6KB)
--------AP53.rast.anno2.pseudoSeq.dic(13KB)