文件名称：vartovcf：将VarDictVarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式
文件大小：1.73MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-29 02:44:08
rust bioinformatics variant-calling Rust
伐他夫 将VarDict / VarDictJava的变体转换为VCF v4.2格式。 ❯ VarDictJava/build/install/VarDict/bin/VarDict \ -b input.bam \ -G /references/hg38.fa \ -N dna00001 \ -c1 -S2 -E3 -g4 -f0.05 \ --fisher \ calling-intervals.bed \ | vartovcf -r /references/hg38.fa -s dna00001 \ | bcftools sort -Oz > variants.vcf.gz 产品特点 与VarDict捆绑在一起的Perl脚本不同，此工具逐记录流式传输 仅支持以仅肿瘤模式生成的变体记录的转换 输出VCF记录未bcftools s
【文件预览】：
vartovcf-main
----Cargo.toml(1014B)
----.github()
--------workflows()
----src()
--------main.rs(2KB)
--------lib()
----LICENSE.md(1KB)
----README.md(2KB)
----docs()
--------cover.jpg(1.73MB)
----tests()
--------integration_test.rs(2KB)
--------nras.var(852B)
--------nras.vcf(6KB)
--------reference.fa.fai(58B)
----.gitignore(63B)