文件名称：bwa-meth:使用bwa-mem和3个字母的基因组快速准确地比对BS-Seq读数
文件大小：8.41MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-29 23:03:39
PostScript
wa BS-Seq读取的快速准确对齐。 笔记！！！ 从2016-08-18开始，bwa-meth现在将sam输出到stdout。 由用户决定是否转换为bam。 这意味着--prefix和--calmd标志已消失。 更新2016 bwa-meth仍然是BS-SEQ（如果不是）最好对准中。 虽然它相当稳定，但是我将继续支持bwa-meth的对齐部分bwa-meth修复任何错误或根据需要进行更新。 与此处提供的表格和SNP调用相比，现在有几种（可能更好）的替代方法，因此我将不做进一步的介绍。 对于制表，偏差和绘图，请使用 对于SNP呼叫（更现代的BisSNP），请使用 介绍 这适用于定向协议中的单端读取和成对端读取（最常见）。 在参考和阅读中均使用甲基编码器和Bismark所采用的方法，将所有C进行电子转换为T。 通过将原始阅读作为注释附加到bwa作为标签附加到阅读的内容中，以恢
【文件预览】：
bwa-meth-master
----setup.py(1KB)
----.gitignore(383B)
----requirements.txt(16B)
----LICENSE(1KB)
----paper()
--------noerrorsim-quals.eps(134KB)
--------supplement.tex(15KB)
--------Makefile(489B)
--------natbib.sty(34KB)
--------real-trim-quals.eps(135KB)
--------real-bwa-strand.eps(19KB)
--------noerrorsim-trim-quals.eps(135KB)
--------sim-quals.eps(135KB)
--------document.bib(5KB)
--------bioinfo.cls(29KB)
--------sim-trim-quals.eps(135KB)
--------real-quals.eps(134KB)
--------natbib.bst(26KB)
--------document.tex(10KB)
----scripts()
--------bsseq-caller.R(2KB)
--------tabulate-methylation.py(6KB)
----README.md(5KB)
----example()
--------t_R2.fastq.gz(2.17MB)
--------test.sh(3KB)
--------t_R1.fastq.gz(2.95MB)
--------README.md(910B)
--------ref.fa(894KB)
----compare()
--------run-gsnap.sh(635B)
--------common.sh(504B)
--------data()
--------src()
--------run-gnumapbs.sh(784B)
--------run-bsmap.sh(969B)
--------cmp-bis2.sh(889B)
--------README.md(3KB)
--------run-bison.sh(1005B)
--------run-last.sh(1KB)
--------run-bwa.sh(719B)
--------plots.sh(1KB)
--------run-bis2.sh(1KB)
--------run-bis1.sh(987B)
--------search-bis2.sh(2KB)
--------run-bsmooth.sh(2KB)
----bwameth.py(17KB)
----ez_setup.py(11KB)