文件名称：snippy:快速单倍体变异调用和核心基因组比对
文件大小：31.51MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-15 15:10:36
snps vcf variant-calling bacteria indel-discovery
断断续续
快速单倍体变异调用和核心基因组比对
作者
概要
Snippy在单倍体参考基因组和您的NGS序列读数之间找到SNP。 它将找到替换（snps）和插入/删除（indels）。 它将在单台计算机上使用尽可能多的CPU（已测试64核）。 它的设计考虑了速度，并在单个文件夹中生成了一组一致的输出文件。 然后，它可以使用相同的参考来获取一组Snippy结果，并生成核心SNP比对（并最终生成系统树）。
快速开始
% snippy --cpus 16 --outdir mysnps --ref Listeria.gbk --R1 FDA_R1.fastq.gz --R2 FDA_R2.fastq.gz
【文件预览】：
snippy-master
----binaries()
--------linux()
--------darwin()
--------noarch()
----etc()
--------Mtb_NC_000962.3_mask.bed(20KB)
--------snpeff.config(12KB)
----.travis.yml(631B)
----LICENSE(18KB)
----test()
--------example.bed(220B)
--------example.gbk(666KB)
--------Makefile(2KB)
--------example.fna(315KB)
----README.md(20KB)
----perl5()
--------Snippy()
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----.gitignore(194B)
----bin()
--------snippy-vcf_to_tab(6KB)
--------snippy-vcf_extract_subs(6KB)
--------snippy-vcf_report(4KB)
--------snippy-fasta_to_bed(3KB)
--------snippy-clean_full_aln(2KB)
--------snippy-core(15KB)
--------snippy(27KB)
--------snippy-multi(2KB)