文件名称：SCATS:一种使用单细胞 RNA-seq 检测差异选择性剪接事件的统计工具
文件大小：2.84MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-20 06:27:10
Python
转录本剪接的单细胞分析 (SCATS) 一种使用单细胞 RNA-seq 检测差异选择性剪接事件的统计工具 SCATS的计算流水线 系统要求 为了获得最佳性能，我们建议使用20个以上内核的HPC SCATS 的输入 SCATS 的输入是 BAM 格式的单细胞 RNA-seq 读取数据以及参考异构体注释文件。 安装 请参阅了如何安装SCATS。 用法 SCATS 的请参考。 接触 如果您有任何问题/问题/错误，请在上。 它们也会对其他用户有所帮助。
【文件预览】：
SCATS-master
----bin()
--------getalpha.pl(779B)
--------scats_functions.pyc(4KB)
--------__init__.pyc(138B)
--------summarizedas.pl(1KB)
--------getCount_umi_cellid.py(17KB)
--------likelihoodumi.pyx(30KB)
--------__init__.py(0B)
--------getCount_cellid.py(16KB)
--------getCount.py(17KB)
--------complie_likelihoodumi.sh(197B)
--------model_selection_das_umi.py(35KB)
--------getgeneleveltheta_umi.pl(1KB)
--------my_functions.py(3KB)
--------getgroupinfo.pl(3KB)
--------my_functions.pyc(3KB)
--------check_software.py(181B)
--------gettascdata.pl(862B)
--------getexonlevelcount_umi.pl(4KB)
--------__pycache__()
--------getgenelevelcount.pl(2KB)
--------likelihoodumi.so(2.06MB)
--------PreProcess.pl(5KB)
--------getCount_umi.py(17KB)
--------scats_functions.py(6KB)
----doc()
--------Install.md(589B)
--------Fig1.png(1.2MB)
--------Usage.md(8KB)
----.#SCATS.py(40B)
----README.md(908B)
----example()
--------example.gpinfo(433B)
--------metafile(145B)
--------mm10refseq.refgene(3.42MB)
--------mm10refseq.gpinfo(1.47MB)
--------example.refFile(2KB)
--------example.refgene(938B)
----SCATS.py(8KB)