文件名称：AS-Quant:定量分析差异化可变剪接事件
文件大小：53.35MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-09 02:23:39
Python
AS-Quant生成两种不同生物学条件之间的可变剪接的表达水平。 安装 可以直接从github下载AS-Quant工具。 用户需要在自己的计算机上安装python。 它可以在Windows，Linux和Mac平台上运行。 用户将需要运行as-quant.py文件以演示AS事件。 $ python3 as_quant.py 要生成特定外显子的图，用户需要运行makePlots.py并以特定模式提供输入：chromName：geneName：start-end $ python3 make_plots.py 用户手册 可以在github 上找到AS-Quant的用户手册。 样本数据 鼠标（mouse mm10）的AS-Quant示例数据包含在文件夹。 为了从头开始，用户可以使用样本数据对AS事件进行量化。 引文 请使用以下信息进行引用。 联系作者 奈玛·艾哈迈德·法米（Naima Ah
【文件预览】：
AS-Quant-main
----sample_input_mouse()
--------group2()
--------group1()
----make_plots.py(9KB)
----samtools(991KB)
----Sample_input_mouse()
--------Sample1()
--------Sample2()
----Result_Tsc1_null_Control_Vs_Tsc1_null_siU2af1.xlsx(758KB)
----mm10()
--------MXE.csv(22KB)
--------SE.csv(244KB)
--------A3SS.csv(183KB)
--------A5SS.csv(114KB)
--------annotation.csv(14.01MB)
--------RI.csv(34KB)
----count_pvalue.py(4KB)
----as_quant.py(5KB)
----hg19()
--------MXE.csv(85KB)
--------SE.csv(561KB)
--------A3SS.csv(294KB)
--------A5SS.csv(186KB)
--------annotation.csv(19.58MB)
--------RI.csv(58KB)
----README.md(1KB)
----methods.py(9KB)
----AS-Quant User Manual.pdf(188KB)
----preprocess.py(937B)