文件名称：spades-runner:使用SPAdes批量组装下一代测序读物
文件大小：17KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-16 00:07:38
Rust
黑桃跑者 spades-runner是一个命令行应用程序，用于使用SPAdes批量组装下一代测序读取。 它旨在通过最少的配置文件到无配置的文件简化批处理组装过程。 目录 快速开始 如果您的文件夹结构类似于或或者使用任一程序来清理测序读数，则可以使用自动检测命令。 该应用程序将检测您的文件夹结构。 因此，不需要使用配置文件。 spr auto -d [you-clean-read-folder] 也提供使用配置文件的选项。 您可以使用两列的csv： 样品 小路 some_species clean_reads / some_species / trimmed_reads / another_species clean_reads / another_species / trimmed_reads / 或使用ini格式： [samples] some_species:clean
【文件预览】：
spades-runner-main
----.travis.yml(123B)
----.github()
--------workflows()
----LICENSE(1KB)
----src()
--------utils.rs(4KB)
--------cleaner.rs(2KB)
--------main.rs(550B)
--------cli.rs(7KB)
--------runner.rs(6KB)
--------io.rs(2KB)
--------parser.rs(3KB)
--------finder.rs(4KB)
----Cargo.toml(301B)
----.gitignore(353B)
----CHANGELOG.md(1019B)
----test_files()
--------spade_runner.ini(81B)
--------some_seq_ABC123_R1.fq.gz(0B)
--------trimmed_test()
--------some_seq_ABC1234_R2.fq.gzip(0B)
----README.md(6KB)