安装cygwin：
由于NDK编译代码时必须要用到make和gcc，所以你必须先搭建一个linux环境， cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境,它对于学习unix/linux操作环境，或者从unix到windows的应用程序移植，非常有用。通过它，你就可以在不安装linux的情况下使用NDK来编译C、C++代码了。下面我们一步一步的安装cygwin吧。
首先要下载cygwin的安装程序setup.exe，下载地址为：
下载完成后双击运行setup.exe，可以看到向导界面如下：
点击下一步，此时让你选择安装方式：
1）Install from Internet：直接从Internet上下载并立即安装（安装完成后，下载好的安装文件并不会被删除，而是仍然被保留，以便下次再安装）。
2）Download Without Installing：只是将安装文件下载到本地，但暂时不安装。
3）Install from Local Directory：不下载安装文件，直接从本地某个含有安装文件的目录进行安装。
选择第一项，点击下一步：
选择要安装的目录，注意，最好不要放到有中文和空格的目录里，似乎会造成安装出问题，其它选项不用变，之后点下一步：
上一步是选择安装cygwin的目录，这个是选择你下载的安装包所在的目录，默认是你运行setup.exe的目录（就是你下载的可执行文件setup.exe所在的目录），我放在了F:\download目录下，然后点击下一步，此时你共有三种连接方式选择：
1）Direct Connection：直接连接。
2）Use IE5 Settings：使用IE的连接参数设置进行连接。
3）Use HTTP/FTP Proxy：使用HTTP或FTP代理服务器进行连接（需要输入服务器地址、端口号）。
用户可以 根据自己的网络连接的实情情况进行选择，一般正常情况下，均选择第一种，也就是直接连接方式。然后再点击“下一步”，这是选择要下载的站点，我用的是http://ftp.ntu.edu.tw，（也可以自己添加站点，在User URL中输入你选择的站点，然后点击Add添加，在列表中选中添加的站点）然后点击下一步：
此时会出现一个要下载安装的组件包列表：
点击下一步，进入安装过程：
安装完成后点击完成结束安装。
下面测试一下cygwin是不是已经安装好了：
运行cygwin，在弹出的命令行窗口输入：cygcheck -c cygwin命令，会打印出当前cygwin的版本和运行状态，如果status是ok的话，则cygwin运行正常。然后依次输入gcc –version，g++ --version，make –version，gdb –version进行测试，如果都打印出版本信息和一些描述信息，非常高兴的告诉你，你的cygwin安装完成了！
下载Android NDK：
下载站点：
http://dl.google.com/android/ndk/android-ndk-r4-windows.zip
http://androidappdocs.appspot.com/sdk/ndk/index.html
http://developer.android.com/sdk/ndk/overview.html
如果上面的站点下载不了，也可以到网上找一些下载站点，下载r4版本的android_ndk，下载后直接解压即可。可以考虑和android SDK放在相同的目录下，对以后的开发可能会带来一些便利。
配置NDK环境变量
首先找到cygwin的安装目录，找到一个home/<你的用户名>/.bash_profile文件，我的是C:/cygwin/home/Administrator/.bash_profile，（如果找不到，那就到网上去找解决办法把，这种情况确实可能发生）打开bash_profile文件，添加如下内容(根据你的ndk的安装目录，我的是D盘android-ndk-r4)：
ANDROID_NDK_ROOT=/cygdrive/d/android-ndk-r4
export ANDROID_NDK_ROOT
ANDROID_NDK_ROOT这个名字是随便取的，为了方面以后使用方便，选个简短的名字，然后保存。打开cygwin，输入cd $ANDROID_NDK_ROOT，如果输出上面配置的/cygdrive/d/android-ndk-r4信息，则表明环境变量设置成功了。
安装eclipse组件：
Android SDK 和 ADT就不介绍了，下面介绍一个新的组件——CDT。CDT是eclipse开发c++的组件包，这里声明一下，使用NDK开发android是不需要CDT的。如果你安装了CDT，会在以后review别人的c++ code时带来一些方便。可以到CSDN上下载CDT的压缩包，加压后把对应的目录下的文件拷贝到eclipse的对应目录下就可以了。
部署并运行第一个hello-jni例子
用NDK来编译程序：
现在我们用安装好的NDK来编译一个简单的程序吧，我们选择ndk自带的例子hello-jni，我的位于D:/android-ndk-r4/samples/hello-jni(根据你具体的安装位置而定)，运行cygwin，输入命令cd /cygdrive/d/android-ndk-r4/samples/hello-jni，进入到D:/android-ndk-r4/samples/hello-jni目录。输入$ANDROID_NDK_ROOT/ndk-build，执行成功后，它会自动生成一个libs目录，把编译生成的.so文件放在里面。($ANDROID_NDK_ROOT是调用我们之前配置好的环境变量，ndk-build是调用ndk的编译程序)，此时去hello-jni的libs目录下看有没有生成的.so文件，如果有，你的ndk就运行正常啦！
在eclipse中配置参数编译源码生成.so文件
1）导入hello-jni工程
2）这时你的工程可能会报错，没关系，工程右键选择Build path->config Build path，如下图：
然后选择builders->new，如下图：
选择program，配置如下图：
出现了添加界面，首先给编译配置起个名字，如：C_Builder或者是默认的New_Builder，如上图，
设置Location为<你cygwin安装路径>/bin/bash.exe程序，例如：C:/cygwin/bin/bash.exe；
设置Working Directory为<你cygwin安装路径>/bin目录，例如：C:/cygwin/bin
设置Arguments为：
--login -c "cd /cygdrive/d/android-ndk-r4/samples/hello-jni && $ANDROID_NDK_ROOT/ndk-build"
上面的配置中/cygdrive/e/android-ndk-r5/samples/hello-jni是你当前要编译的程序的目录，$ANDROID_NDK_ROOT是之前配置的ndk的环境变量，这两个根据你具体的安装目录进行配置，其他的不用变，Arguments这串参数实际是给bash.exe命令行程序传参数，进入要编译的程序目录，然后运行ndk-build编译程序。
接着配置refresh选项：
勾选Refresh resources upon completion
再配置Build Options选项，如下图：
勾选上最后三项，之后点击Specify Resources按钮，选择资源目录，勾选你的项目目录即可：
最后点击Finish，点击OK一路把刚才的配置都保存下来，注意：如果你配置的编译器在其它编译器下边，记得一定要点Up按钮，把它排到第一位，否则C代码的编译晚于Java代码的编译，会造成你的C代码要编译两次才能看到最新的修改，如下图，一定要保证New_Builder在第一位：
现在来测试一下是否可以自动编译呢，打开项目jni目录里的hello-jni.c文件把提示Hello from JNI!改成其他的文字：如："Hello，My name is lusifer."，然后再模拟器中运行你的程序，如果模拟器中显示了你最新修改的文字，那么你已经全部配置成功啦！