根据官方的解释，它们的编译顺序如下：
(1)所有在Standard Assets、Pro Standard Assets或者Plugins文件夹中的脚本会产生一个Assembly-CSharp-filepass-vs.csproj文件，并且先编译；
所有在Standard Assets, Pro Standard Assets, Plugins中的脚本被首先编译。在这些文件夹之内的脚本不能直接访问这些文件夹以外的脚本。不能直接引用类或它的变量，但是可以使用GameObject.SendMessage与他们通信。
(2)所有在Standard Assets/Editor、Pro Standard Assets/Editor或者Plugins/Editor文件夹中的脚本产生Assembly-CSharp-Editor-filepass-vs.csproj工程文件，接着编译；
所有在Standard Assets/Editor, Pro Standard Assets/Editor, Plugins/Editor中的脚本被首先编译。如果你想要使用UnityEditor命名空间，你必须放置你的脚本到这些文件夹。例如添加菜单或写入自定义wizards你必须放置你的脚本到哪些文件夹。这些脚本可以访问所有前面组中的脚本。
(3)所有在Assets/Editor外面的，并且不在(1),(2)中的脚本文件(一般这些脚本就是我们自己写的非编辑器扩展脚本)会产生Assembly-CSharp-vs.csproj工程文件，被编译；
(4)所有在Assets/Editor中的脚本产生一个Assembly-CSharp-Editor-vs.csproj工程文件，被编译。
然后所有在Editor中的脚本被编译。当编写编辑器代码来编辑那些在后面组中的脚本时，有两种解决方法：1、放置其他脚本到"Plugins"文件夹。2、利用JavaScript动态类型。在JavaScript你不需要知道类的类型再使用它，当使用GetComponent时，你可以使用一个字符串来代替类型，还可以使用SendMessage。
(5)所有其他的脚本被最后编译
所有没在上述文件夹的脚本被最后编译。所有这步里编译的脚本有权使用第一组的所有脚本("Standard Assets", "Pro Standard Assets" or "Plugins")。这允许你使用不同的脚本语言相互操作。例如，如果你想要创建一个Javascript，它将使用一个C#脚本。放置C#脚本到"Standard Assets"文件夹，Javascript放在在此文件夹之外，Javascript便可以直接引用C#脚本。
之所以按照这样建立工程并按此顺序编译，也是因为DLL间存在的依赖关系所决定的。所以，放在第一组的脚本，将需要更长的编译时间，因为你编译第三组需要再次编译它们。因此如果你想要减少编译时间，把那些不常改动的放在第一组，经常改变的放在第四组。