分布式计算也并不是万能的，其中还存在诸多的缺陷和弊端：
兼容性问题
目前，几乎所有的分布式计算技术都没有完整的统一的标准，虽然已开始这方面的工作，标准的缺乏使得分布式计算技术研究分散，很难形成稳定的研究方向，从而在很大程度上制约了分布式计算技术的发展。因此，彼此之间的互通、互联的兼容性是一个巨大的问题。
领域问题
虽然说分布式技术诞生已久，但是推广和应用仍然是在发展的过程当中。在不少领域，都还是空白。
异构问题
现在的网络是一个异构的环境，分布式计算技术首先需要解决异构环境的互操作问题。而要解决异构环境的互操作问题，首要的任务是如何互相识别。目前，既不可能要求所有的资源用同一种方式描述，又没有方法可智能地识别这些资源，这就导致任何一种分布式计算技术只能在一定的范围内使用。
安全性问题
分布式计算技术面临的最大挑战就是不断增长的网络规模，整个平台的安全性方面的问题就会极为严重。