文件名称：chenlab_rnaseq_pipeline:来自Toil的chenlab RNA Seq管线
文件大小：3KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-08 15:00:20
R
安装/要求 R / 3.5.1-X11-20180604 Perl / 5.28.1 STAR / 2.6.1（ ） 生成STAR和参考基因组的索引文件。 当前的管道使用RSEM-hg38。 相同的请参考 。 ＃＃如何使用它？ 您的目录中应该有一个名为“ fastq”的文件夹，其中包含要处理的样本（至少2个样本）的所有fastq文件。 Fastq文件应命名为{sample_id} _ [12] .fastq。 例如，配对末端RNA Seq样本“ MYC”的fastq文件应为MYC_1.fastq和MYC_2.fastq。 准备一个文本文件（通常名为“ exp.txt”），每行包含一个样本ID。 注意：换行符必须在Unix中。 运行管道：chenlab.bulk.rna.seq.pipeline.R exp.txt。 成功完成后，可以在“ RData”文件夹中找到已处理的数
【文件预览】：
chenlab_rnaseq_pipeline-master
----chenlab.bulk.rna.seq.pipeline.R(3KB)
----README.md(909B)
----process.one.sample.pl(2KB)