【文件属性】：
文件名称：circRNA：circularRNA检测
文件大小：2.83MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-09 11:32:06
Python
环RNA
该circularRNA检测管道并行使用CIRCExplorer2和CIRI2来检测，定量和注释circRNA。 这是v0.3.3的流程图：
版本/发行要点
v0.1.0
基本版本
仅支持PE
v0.2.x
SE支持增加了.. PE / SE样本同时处理
envmodules使用的envmodules代替了module load语句
v0.3.x
从hg38到hg19 circRNA注释的查找表已更新...这消除了先前版本中的一对多点击
BSJ被提取为不同的bam文件。
流程图已添加
将slurmjobid添加到日志/错误文件名
v0.3.1在BSJ bam创建时具有显着（> 10X）的性能改进
v0.3.3将BSJ bams拆分为人类和病毒bams，并将其转换为bigwigs
v0.3.4添加了hg38_rRNA_masked_plus_rRNA_plus_viru
【文件预览】：
circRNA-master
----.gitattributes(68B)
----envs()
--------clear.yaml(801B)
----scripts()
--------filter_bam_for_BSJs.py(8KB)
--------filter_bam_by_readids.py(1KB)
--------filter_junction_human.py(129B)
--------apply_junction_filters.py(2KB)
--------get_index_rl.py(283B)
--------junctions2readids.py(4KB)
--------Create_circExplorer_count_matrix.py(3KB)
--------reformat_hg38_2_hg19.py(2KB)
--------transcript2gene.py(394B)
--------Create_circExplorer_BSJ_count_matrix.py(3KB)
--------filter_junction.py(134B)
--------add_geneid2genepred.py(627B)
--------Create_ciri_count_matrix.py(3KB)
--------make_star_index.sh(169B)
----mkdocs.yml(754B)
----config()
--------cluster.json(1KB)
--------config.yaml(3KB)
--------cluster.json.highmem(950B)
--------tools.yaml(456B)
--------samples.tsv(346B)
----LICENSE(1KB)
----run_circrna_daq.sh(8KB)
----circRNADetection.snakefile(23KB)
----circRNA_v0.3.3.png(106KB)
----README.md(1KB)
----circRNA_detection_pipeline_v0.1.0.png(72KB)
----resources()
--------hg38_2_hg19_lookup.txt(15.3MB)
--------TruSeq_and_nextera_adapters.consolidated.fa(3KB)
--------dummy(0B)
----docs()
--------index.md(1KB)
--------versions.md(1KB)
--------dryrun_example.txt(40KB)
--------circRNA_v0.3.3.png(106KB)
--------tutorial.md(20KB)
--------flowchart.md(459B)
----.editorconfig(249B)
----.gitignore(55B)