文件名称：circrna:circRNA定量，差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据
文件大小：990KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-30 18:40:10
workflow bioinformatics rna-seq pipeline genomics
RNA-Seq数据中circRNA的定量，差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。 介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据，已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37， GRCh38 v34）。 pipleline已以模块化方式开发，除了circRNA定量外，还允许用户选择miRNA靶标预测，差异表达分析（或两者），以促进围绕circRNA参与竞争内源RNA网络的假设。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 管道摘要 默认情况下， nf-core/circrna使用所有3个分析模块： circrna_discovery
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circrna-dev
----bin()
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--------get_parent_genes.sh(543B)
--------adapters.fa(14KB)
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--------ID_to_BED.sh(319B)
--------circ_report.R(7KB)
--------annotate_report.R(947B)
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--------merge_bed.py(2KB)
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--------find_circ.sh(1KB)
--------prep_circos.sh(1KB)
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