circrna:circRNA定量，差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据

【文件属性】：
文件名称：circrna:circRNA定量，差异表达分析和miRNA靶标预测RNA-Seq数据
文件大小：990KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-11 00:53:30
workflow bioinformatics rna-seq pipeline genomics RNA-Seq数据中circRNA的定量，差异表达分析和miRNA目标预测分析的工作流程。 介绍 nf-core / circrna是一种生物信息学流水线，用于定量，miRNA靶标预测和RNA测序数据中存在的circRNA的差异表达分析（当前支持总RNA-Seq配对末端测序数据，已映射至智人Gencode参考基因组GRCh37， GRCh38 v34）。 pipleline已以模块化方式开发，除了circRNA定量外，还允许用户选择miRNA靶标预测，差异表达分析（或两者），以促进围绕circRNA参与竞争内源RNA网络的假设。 该管道是使用构建的， 是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。 它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。 管道摘要 默认情况下， nf-core/circrna使用所有3个分析模块： circrna_discovery

【文件预览】：
circrna-dev
----bin()
--------unwanted_biotypes.txt(648B)
--------get_parent_genes.sh(543B)
--------adapters.fa(14KB)
--------filter_CIRIquant.sh(446B)
--------targetscan_70_BL_PCT.pl(23KB)
--------annotate_circs.R(2KB)
--------get_mature_seq.sh(4KB)
--------ID_to_BED.sh(319B)
--------circ_report.R(7KB)
--------annotate_report.R(947B)
--------targetscan_count_8mers.pl(3KB)
--------split_fasta.sh(119B)
--------find_circ.py(18KB)
--------DEA.R(19KB)
--------targetscan_70_context_scores.pl(67KB)
--------unmapped2anchors.py(3KB)
--------circRNA_counts_matrix.py(921B)
--------mirna_circos.R(6KB)
--------filter_DCC.sh(274B)
--------check_empty.sh(541B)
--------consolidate_algorithms_original.R(3KB)
--------targetscan_70_BL_bins.pl(9KB)
--------scrape_software_versions.py(2KB)
--------targetscan_70.pl(29KB)
--------scorethresh.py(743B)
--------merge_bed.py(2KB)
--------cmp_bed.py(2KB)
--------sum.py(557B)
--------filter_circexplorer2.sh(1KB)
--------markdown_to_html.py(3KB)
--------DE.R(13KB)
--------consolidate_algorithms.R(2KB)
--------find_circ.sh(1KB)
--------prep_circos.sh(1KB)
--------UROBORUS.pl(82KB)
----conf()
--------igenomes.config(31KB)
--------base.config(2KB)
--------test_full.config(1KB)
--------nuig.config(713B)
--------test.config(1KB)
----docs()
--------images()
--------README.md(510B)
--------output.md(34KB)
--------usage.md(8KB)
----main.nf(66KB)
----environment.yml(1KB)
----.github()
--------PULL_REQUEST_TEMPLATE.md(866B)
--------ISSUE_TEMPLATE()
--------workflows()
--------.dockstore.yml(135B)
--------CONTRIBUTING.md(3KB)
--------markdownlint.yml(113B)
----assets()
--------email_template.txt(1KB)
--------sendmail_template.txt(1KB)
--------nf-core-circrna_social_preview.svg(26KB)
--------nf-core-circrna_logo.png(11KB)
--------multiqc_config.yaml(453B)
--------nf-core-circrna_social_preview.png(58KB)
--------email_template.html(3KB)
----Dockerfile(3KB)
----containers()
--------py3()
----LICENSE(1KB)
----nextflow_schema.json(34KB)
----.gitignore(73B)
----CHANGELOG.md(376B)
----CODE_OF_CONDUCT.md(3KB)
----README.md(10KB)
----.gitattributes(36B)
----nextflow.config(6KB)