文件名称：scrna-kulkarni-巨噬细胞：与Kulkarni实验室合作，分析小鼠scRNA-seq巨噬细胞
文件大小：20KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-01 18:11:47
R
库尔卡尼实验室的scRNA-seq巨噬细胞项目 该存储库包含用于分析由Kulkarni实验室生成的scRNA-seq巨噬细胞数据的代码和分析。 s 斯蒂芬妮·希克斯（Stephanie Hicks）（ ） 庄永宝（ ） 数据 原始FASTQ文件 FASTQ文件只能从梵天服务器访问（在JHU VPN之后），并且在这里可用： /mnt/morbo/Data/Sequencing/Raw_Backup/Kulkarni/Kulkarni_10X/fastqs/ 将它们复制到JHPCE，并在那里进行分析。 SingleCellExperiment对象 在“预处理”部分的末尾，创建了SingleCellExperiment对象，并在此处提供该对象： /fastscratch/myscratch/shicks1/scrna-kulkarni-macrophages/data/sce_co
【文件预览】：
scrna-kulkarni-macrophages-main
----01_quantification()
--------build-index-salmon.sh(984B)
--------quantify-salmon-helpers.R(3KB)
--------download-gencode-files.R(4KB)
--------run-tximeta.R(3KB)
--------create-decoys-salmon.sh(718B)
--------run-alevin.sh(2KB)
----scrna-kulkarni-macrophages.Rproj(204B)
----README.md(7KB)
----.gitignore(167B)
----02_analysis()
--------feature_selection_highly_variable.R(1KB)
--------qc_normalization_scater.R(8KB)
--------identify-clusters.Rmd(641B)
--------HVG_selection_clust.R(4KB)
--------clustering_HVG.R(3KB)
--------feature_selection_highly_deviant.R(1KB)
--------mkr_detection_cell_annotation.R(2KB)