文件名称：Sequescence:测序模拟古代 DNA 死后损伤导致的错误编码病变的出现
文件大小：95KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-30 13:48:48
Java
顺序 Sequescence 是一个 Java 应用程序，它模拟由于古代 DNA 中的死后损伤而导致的错误编码病变的外观。 使用序列 只要安装了 Java，该应用程序就可以在任何平台上执行。 要执行 Sequescence，请将 .jar 文件和序列比对放在同一目录中。 从目录中的命令行，键入以下内容： java –jar Sequescence.jar 该应用程序将提示用户输入以下信息： 输入文件。 这是包含序列比对的文件的名称。 对齐方式应为 Fasta 格式。 单个序列不应跨多行运行。 比对序列的数量。 伤害率（平均每个基地）。 这是比对中每个核苷酸的平均损伤率。 请注意，Sequescence 实现了与年龄无关的序列损坏模型。 I 型损害的比例。 代表 I 型损伤（A→G 和 T→C）的错误编码病变的比例。 II 型损伤的比例。 代表 II 型损伤（C→T 和 G→
【文件预览】：
Sequescence-master
----jar()
--------Sequescence.jar(13KB)
----src()
--------PoissonGenerator.java(642B)
--------UserInput.java(752B)
--------Mutator.java(10KB)
--------DiscretizedGamma.java(4KB)
--------Main.java(5KB)
----examples()
--------brownbears.fasta(5KB)
--------brownbears.fasta.damaged(5KB)
----README.md(2KB)
----Manual.pdf(85KB)