文件名称：scidb-genotypes:添加对SciDB的支持以从VCF文件加载基因型数据
文件大小：39KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 21:25:40
C++
SciDB中的基因型 添加了对支持，以从VCF（变体调用格式）文件中加载基因型数据。 它包括自定义数据类型和加载程序。 编译中 要进行编译，请将genotypes目录添加到SciDB源树中的examples子目录中，并在examples / CMakeLists.txt文件中包括一个“ add_subdirectory（“ genotypes”）”指令。 加载数据中 要将一组典型的VCF文件加载到一组具有通用基本名“ foobar”的相关SciDB阵列中，请在SciDB协调器节点上使用以下命令： $ loadgt.sh -d foobar_samples.csv foobar *.vcf.gz $ samples_load.sh foobar foobar_samples.csv “ foobar_samples.csv”是用逗号分隔的样本列表，其中包含与VCF头文件中的
【文件预览】：
scidb-genotypes-master
----plugins()
--------CMakeLists.txt(1KB)
--------gt8()
----CMakeLists.txt(1KB)
----vcf2csv()
--------vcf2csv.cpp(9KB)
--------Makefile(314B)
----vcf2scidb()
--------vcf-scan.ll(6KB)
--------scidb-writers.cpp(8KB)
--------vcf2scidb.cpp(4KB)
--------CMakeLists.txt(2KB)
--------scidb-writers.hpp(4KB)
----README.md(2KB)
----scripts()
--------counts_calculate.py(11KB)
--------redimension.py(7KB)
--------chunk_sizes.sh(630B)
--------dim_array_load.py(5KB)
--------loadgt.sh(4KB)
--------ScidbQuery.py(5KB)
--------samples_collect_from_vcf.sh(2KB)
--------scidbutils.py(3KB)
--------array_sizes.sh(456B)
--------populations_create.py(4KB)
--------redim_by_parts.py(3KB)
--------samples_load.sh(3KB)