PConsC2:使用机器学习进行蛋白质接触预测

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文件名称：PConsC2:使用机器学习进行蛋白质接触预测

文件大小：256KB

文件格式：ZIP

更新时间：2024-06-24 15:18:16

Python

PconsC 和 PconsC2 Maja Gocevska ( Yannick Jadoul ( ) 伊内兹·( ) Python环境 PconsC 和 PconsC2 方法的这个实现是用 Python 2.7 版编写的。 它需要安装 scipy、numpy、scikit-learn 和 matplotlib 库。 数据 假定数据在数据文件夹中按以下方式排序： data/ sequence_names sequences/ .fa folds/ set contacts/ .CB / .pred alignments/ .fa psipred/ <sequen

【文件预览】：
PConsC2-master
----clean_data.py(2KB)
----data_io.py(4KB)
----predict_data.py(1KB)
----hydra()
--------pconsc.pbs(464B)
--------pconsc2.pbs(505B)
----score_map.py(2KB)
----evaluation.py(6KB)
----pconsc.py(1KB)
----contact_map.py(2KB)
----etc()
--------NOTES ON DATA(267B)
--------evaluation_psicov_plmdca.png(29KB)
--------evaluation_psicov_plmdca_pconsc.png(37KB)
--------contact_map examples()
----README.md(1KB)
----pconsc2.py(2KB)
----timer.py(268B)
----prepare_dataset.py(5KB)
----next_layer_dataset.py(2KB)
----.gitignore(133B)
----fit_data.py(920B)
----constants.py(751B)