文件名称：Clonal_Analysis:通过单细胞基因组学分析儿童急性淋巴细胞白血病的克隆起源的分析管道
文件大小：1.26MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-31 14:37:25
R
通过单细胞基因组学剖析儿童急性淋巴细胞白血病的克隆起源 这个 git 存储库的目的是提供上述标题论文中发表的分析的概述。 这种分析只有通过生成下面列出的 R 包的所有其他作者的辛勤工作才成为可能。 特别感谢flexmix 、 adegenet和FactoMineR作者，它们驱动了大部分分析管道，以及ggplot2 、 heatplus和igraph ，它们驱动了所有的可视化。 完整的分析框架、生物学概念和应用受到了我的导师和亲爱的朋友 Charles Gawad 博士的极大启发。 ＃＃＃主要特征： 使用flexmix包基于有限混合模型对二元突变矩阵进行聚类 使用不同的信息标准来确定克隆数 从基于模型的聚类结果推断等位基因丢失率 使用ggplot2包可视化克隆突变图谱的绘图函数 使用heatplus包进行克隆注释的热图可视化 多重对应分析作为一种使用FactoMineR包从二元突变矩阵推
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