文件名称：Nordlund-ALL-subtyping:基于DNA甲基化的小儿急性淋巴细胞白血病亚型预测
文件大小：138KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 17:10:14
R
基于450k甲基化分析的所有亚型 原始出版物： 等。 2014， 此代码是由和小组编写的。 系统要求 软件 该代码是针对版本3.0.1或更高版本的Unix或Linux操作系统编写的，但是可以对其进行修改以在Windows下轻松运行。 软件包doMC （1.3-0）， （2.26.2）， ， predict （2.1-8）和 （2.2.2）是必需的，但会自动安装。 该predict软件包是内部开发的，不久将在CRAN（准备中的手稿）上发布。 出现在analyze_final.R结尾的analyze_final.R软件包是用于数据管理的analyse450k软件包，该软件包不会分发。 相反，当手稿被接受出版并且验证数据集在上公开可用时，它将被合并到setup.R 。 硬件 在内存峰值时，需要20 GB的RAM（在process_methylation.R ）。 如果您希望以多核模式运行分
【文件预览】：
Nordlund-ALL-subtyping-master
----.gitignore(133B)
----package()
--------pack.R(121B)
--------nordlund2013()
----classifier()
--------classifier.R(3KB)
--------classifier.Rdata(59KB)
--------consensus_sites.csv(7KB)
----make_plots.R(12KB)
----data()
--------subtypes.csv(20KB)
--------bwa_hits_x.csv(143KB)
----subtype_discovery.R(6KB)
----process_annotations.R(2KB)
----process_phenotypes.R(3KB)
----setup.R(1KB)
----process_methylation.R(1KB)
----analyze_init.R(5KB)
----README.md(3KB)
----analyze_relapse.R(1KB)
----analyze_final.R(12KB)
----analyze_tune.R(3KB)
----analyze_tune_slurm.R(933B)