文件名称：结构变异检测和关联测试-Linux开发
文件大小：11.49MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-16 10:53:29
Linux Miscellaneous
whamwham套件由wham和whamg两个程序组成。 原始工具wham是一种非常敏感的方法，具有很高的错误发现率。 第二个程序whamg更准确，更适合于一般结构whamk套件由wham和whamg两个程序组成。 原始工具wham是一种非常敏感的方法，具有很高的错误发现率。 第二个程序whamg更准确，更适合于一般结构变体（SV）发现。 对于大多数研究，我们强烈建议使用whamg。 下面，我们概述了运行whamg的基础知识。 重要部分以粗体突出显示。 如果您使用wham或whamg，请引用wham纸。 whamg工作流程安装whamg
【文件预览】：
wham-master
----utils()
--------dellyToBedPe.pl(3KB)
--------whamToBedPe.pl(5KB)
--------gvfToBedPe.pl(3KB)
--------deltaAfWham(2KB)
--------whamToBed.pl(4KB)
--------filtWhamG.pl(3KB)
--------classify_WHAM_vcf.py(12KB)
--------Snakefile(2KB)
--------README(2KB)
----.gitmodules(466B)
----RELEASE.md(3KB)
----src()
--------doxygen-info()
--------lib()
--------Complete-Striped-Smith-Waterman-Library()
--------bamtools()
--------obj()
--------seqan()
--------bin()
--------fastahack()
----.travis.yml(156B)
----LICENSE.md(1KB)
----README.md(14KB)
----Makefile(2KB)
----VCF2R(18KB)
----data()
--------WHAM_training_data.txt(584KB)
--------LCR-hs37d5.bed(29.23MB)
--------README(168B)
----docs()
--------wg.png(34KB)
--------whamg_total_support_png.png(278KB)
--------github-figure.png(147KB)
--------github-figure.ai(1.08MB)
--------whamg_total_support.pdf(146KB)
--------whamg_total_support_png.pdf(146KB)
----whamg_total_support_png.pdf(146KB)
----benchmarking()
--------PHASE3-1KG()
--------SIMULATED-DATA()
--------CHM1()