文件名称：Broccoli:使用系统发育和网络分析的直系学分配
文件大小：659KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 23:44:29
Python
概述 Broccoli 旨在使用混合系统发育网络方法推断高精度直系同源组和蛋白质对。 简而言之，西兰花对大多数蛋白质进行超快速系统发育分析，并建立直系同源关系网络。 然后使用无参数机器学习算法（标签传播）从网络中识别直系同源组。 西兰花还检测由基因融合事件产生的嵌合蛋白，并将这些蛋白分配给相应的直系同源基团。 参考： 要求 要运行 Broccoli，您需要（有关安装建议，请参阅）： Unix 系统（MacOS 或 Linux） Python 3.6 或以上版本 版本0.9.30或更高 2.1.11 或以上版本（单线程版本） 运行西兰花 使用-help参数可以使用所有参数和选项（有关更多详细信息，另请参见）： python broccoli.py -help 要使用目录example_dataset的小示例数据集测试 Broccoli（30 秒到 100 万）： python
【文件预览】：
Broccoli-master
----README.md(2KB)
----example_dataset()
--------Acaromyces_ingoldii__reduced.fasta(102KB)
--------Cryptococcus_neoformans__reduced.fasta(97KB)
--------Ceraceosorus_guamensis__reduced.fasta(81KB)
--------Bipolaris_maydis__reduced.fasta(71KB)
--------Amorphotheca_resinae__reduced.fasta(62KB)
--------Cyberlindnera_jadinii__reduced.fasta(94KB)
----broccoli.py(7KB)
----manual_Broccoli_v1.2.pdf(229KB)
----LICENSE(34KB)
----scripts()
--------broccoli_step1.py(9KB)
--------utils.py(2KB)
--------broccoli_step4.py(9KB)
--------__init__.py(1B)
--------broccoli_step2.py(15KB)
--------broccoli_step3.py(30KB)
----images()
--------overview_broccoli.png(131KB)
--------logo_broccoli.png(17KB)