idwtree:使用系统发育树分配直系同源物-开源

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文件名称：idwtree:使用系统发育树分配直系同源物-开源
文件大小：45KB
文件格式：BZ2
更新时间：2021-06-29 07:03:16
开源软件 蛋白质 BLAST 分析可找到蛋白质的所有同源物； 然而，对于许多分析，重要的是识别不同物种中的直系同源物（例如源自相同祖先序列的同源物）。 程序 idwtree 通过在包含参考序列作为标记的系统发育树中分配“组”身份来帮助进行此分析。 标准工作流程 idwtree 旨在分析： 1. 针对感兴趣的生物体的感兴趣的 BLAST 蛋白质序列。 2. 下载所有重要的 BLAST 命中。 3. 使用参考序列（例如，使用 CLUSTAL OMEGA 或 MAFFT）构建 BLAST 命中的多序列比对。 4. 使用比对构建系统发育树（例如使用 PHYLIP 包） 5. 使用 idwtree 将 BLAST 命中分配给直系同源组