文件名称：anndata:R中带注释的多元观测数据
文件大小：10.3MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-16 10:32:30
R
anndata-带注释的数据 是常用的Python软件包，用于跟踪数据和学习的注释，并且可用于读取和写入h5ad文件格式。 它也是scanpy python软件包（Wolf，Angerer和Theis 2018）中使用的主要数据格式。 但是，在R中使用scanpy / anndata可能会很麻烦。 当尝试读取h5ad文件时，R用户可以采用以下两种方法之一来解决此问题。 A）您可以手动读取文件（因为它是H5文件），但这需要大量的手动工作，并且需要对h5ad和H5文件格式的工作方式有很多了解（并且，还要期待因隐藏的hdf5r错误而引起的严重头痛） 。 或B）通过网状结构与scanpy和andata进行交互，但遇到了将某些python对象转换为R的问题。 我们最近在CRAN上发布了 ，它是Python程序包的R包装器-顶部撒有一些语法，使R用户感到宾至如归。 将R anndata仍在于积极
【文件预览】：
anndata-master
----.github()
--------workflows()
----NAMESPACE(2KB)
----NEWS.md(551B)
----cran-comments.md(724B)
----DESCRIPTION(2KB)
----R()
--------read_umi_tools.R(472B)
--------write_h5ad.R(1KB)
--------write_csvs.R(1KB)
--------reticulate_conversions.R(2KB)
--------read_hdf.R(485B)
--------equals_helpers.R(328B)
--------read_csv.R(864B)
--------class_raw.R(7KB)
--------class_anndata.R(35KB)
--------read_mtx.R(409B)
--------concat.R(5KB)
--------install_anndata.R(365B)
--------read_text.R(924B)
--------read_loom.R(1KB)
--------package.R(3KB)
--------class_layers.R(5KB)
--------read_h5ad.R(664B)
--------read_excel.R(618B)
--------write_loom.R(901B)
--------read_zarr.R(299B)
--------write_zarr.R(871B)
----.Rbuildignore(120B)
----LICENSE(47B)
----LICENSE.md(1KB)
----README.md(9KB)
----man()
--------all.equal.LayersR6.Rd(413B)
--------read_text.Rd(844B)
--------write_h5ad.Rd(1KB)
--------anndata-package.Rd(3KB)
--------LayersHelpers.Rd(1KB)
--------write_loom.Rd(951B)
--------read_excel.Rd(544B)
--------r-py-conversion.Rd(1KB)
--------write_csvs.Rd(1KB)
--------install_anndata.Rd(833B)
--------readme_files()
--------Layers.Rd(806B)
--------RawHelpers.Rd(1KB)
--------read_umi_tools.Rd(427B)
--------AnnDataHelpers.Rd(2KB)
--------AnnData.Rd(50KB)
--------all.equal.AnnDataR6.Rd(419B)
--------read_mtx.Rd(357B)
--------read_h5ad.Rd(631B)
--------read_hdf.Rd(444B)
--------concat.Rd(5KB)
--------read_loom.Rd(1KB)
--------read_csv.Rd(784B)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(58B)
----.gitignore(40B)
----anndata.Rproj(396B)
----README.Rmd(5KB)
----example_formats()
--------pbmc_1k_protein_v3_processed.h5ad(20.88MB)
--------pbmc_1k_protein_v3.h5(5.21MB)
--------pbmc_1k_protein_v3.h5ad(13.73MB)