文件名称：MspJI-seq_pipeline1.0:DNA甲基化研究中用于MspJI消化测序的管道-开源
文件大小：4.96MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-05-20 13:36:37
开源软件
MspJI-seq_pipeline1.0是DNA甲基化研究中用于MspJI消化测序的管道。 修饰依赖性限制性核酸内切酶MspJI消化与下一代测序结合，可以通过将高通量读数映射到参考序列来估计基因组中“ CNNR”胞嘧啶位置的甲基化状态。 MspJI-seq_pipeline1.0设计为通用映射程序，用于处理MspJI-seq的这些特殊特征。 其对齐基于开放源代码程序SOAP（Short Oligo Alignment Program），而mCNNR站点识别是通过perl中的正则表达式执行的。
【文件预览】：
pipeline1.0
----MspJI-seq_pipeline1.0.pl(8KB)
----EnzymeD()
--------EnzymeD.pl(8KB)
--------EnzymeD4single.pl(3KB)
----Readme.txt(6KB)
----FQClean.pl(3KB)
----test()
--------Rawdata()
--------Ara.cout.xls(135KB)
--------test.sh(147B)
----FragCluster1.2b.pl(6KB)
----soap(281KB)
----Cut_Adapter.pl(7KB)
----2bwt-builder(975KB)
----Bed2Wig.pl(4KB)
----CytoClassify.pl(2KB)
----MCytoCout.pl(2KB)