文件名称：mirdeep2:从小RNA测序数据中发现已知和新颖的miRNA
文件大小：6.8MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-17 05:43:05
analysis mapping sequencing prediction quantification
miRDeep2 README 关于 作者：塞巴斯蒂安·麦克科维克（Sebastian Mackowiak）和马克·弗里德兰德（MarcFriedländer） 这是Sebastian Mackowiak和MarcFriedländer开发的miRDeep2。 miRDeep2从深度测序数据中发现了活跃的已知或新颖的miRNA（Solya / Illumina，454，...）。 （对README ， TUTORIAL ， CHANGELOG和FAQ少量编辑，转换为Markdown，尾随空白删除和Marcel Schilling的CI设置） 要求 Linux系统，2GB Ram，足够的磁盘空间取决于您的深度测序数据 测试版 安装了Xcode和gcc编译器的MacOSX。 （这可以从appstore中获得，如果安装有任何问题，请在线寻求帮助）。 要编译Vienna软件包，可能需要安装G
【文件预览】：
mirdeep2-master
----.travis.yml(1KB)
----CREDITS(306B)
----tutorial_dir()
--------run_tut.sh(595B)
--------mature_ref_other_species.fa(9KB)
--------reads_collapsed.fa(59KB)
--------sample_result.html(43KB)
--------update5p_3p.zip(1.53MB)
--------cel_cluster.fa(6KB)
--------reads.fa(18.86MB)
--------mature_ref_this_species.fa(250B)
--------precursors_ref_this_species.fa(776B)
----LICENSE(34KB)
----src()
--------extract_miRNAs.pl(2KB)
--------illumina_to_fasta.pl(1KB)
--------excise_precursors_iterative_final.pl(10KB)
--------sanity_check_reads_ready_file.pl(6KB)
--------sanity_check_mature_ref.pl(2KB)
--------survey.pl(12KB)
--------fastaselect.pl(2KB)
--------collapse_reads_md.pl(3KB)
--------quantifier.pl(46KB)
--------geo2fasta.pl(2KB)
--------select_for_randfold.pl(17KB)
--------get_mirdeep2_precursors.pl(7KB)
--------parse_mappings.pl(6KB)
--------fastaparse.pl(2KB)
--------make_html.pl(122KB)
--------miRDeep2.pl(36KB)
--------make_html2.pl(67KB)
--------sanity_check_genome.pl(2KB)
--------clip_adapters.pl(2KB)
--------excise_precursors.pl(9KB)
--------sam_reads_collapse.pl(2KB)
--------sanity_check_mapping_file.pl(2KB)
--------fastq2fasta.pl(1KB)
--------miRDeep2_core_algorithm.pl(46KB)
--------remove_white_space_in_id.pl(1KB)
--------mirdeep2bed.pl(1KB)
--------samFLAGinfo.pl(2KB)
--------mapper.pl(23KB)
--------rna2dna.pl(1KB)
--------convert_bowtie_output.pl(2KB)
--------bwa_sam_converter.pl(8KB)
--------find_read_count.pl(1KB)
--------prepare_signature.pl(5KB)
--------perform_controls.pl(2KB)
--------permute_structure.pl(3KB)
----Rfam_for_miRDeep.fa(18.72MB)
----FAQ.md(2KB)
----CHANGELOG.md(4KB)
----README.md(34KB)
----documentation.html(35KB)
----TUTORIAL.md(3KB)
----DISCLAIMER(350B)
----install.pl(21KB)