文件名称：RegionAnnotator:区域基因的基本注释
文件大小：62.75MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-02 11:54:32
Java
#RegionAnnotator ##来源 ##需要数据输入的Daner块或从PGC GWAS摘要统计生成的类似数据 ##该程序的作用创建许多带有基因条目（行）和精神病相关注释（列）的表。 包括gencode位置，基于基因的p值，SFARI ASD注释，GENCODE注释，GWAS目录注释，OMIM注释和手动管理。 基因/区域的注释基于 protein_coding_genes：扩展的（10 Mbases）片段重叠条件，以及距离条件（distance <100Kb）。 omim，asd_genes，id_devdelay_genes，mouse_knockout：扩展的（10 Mbases）片段重叠条件，距离条件（distance <100Kb）和基因名称比较条件。 gwas_catalog，psychiatric_cnvs：段重叠条件。 ##数据输出看起来像多个.csv / .t
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RegionAnnotator-master
----pom.xml(4KB)
----testInput()
--------RATest.txt(486B)
----src_sas()
--------gwas.bioinf.v2.sas(7KB)
----inputGene()
--------gencode.genes.txt(2.71MB)
----RegionAnnotator.sh(203B)
----src_r()
--------convertReferenceData.R(5KB)
--------convertGeneData.GRCh37.R(6KB)
--------convertGeneData.GRCh38.p12.R(3KB)
----config.xml(173B)
----.settings()
--------org.eclipse.m2e.core.prefs(90B)
--------org.eclipse.wst.common.project.facet.core.xml(122B)
--------org.eclipse.jdt.core.prefs(736B)
----src()
--------org()
----RegionAnnotator_howtorun_template.bat(327B)
----.project(1002B)
----inputArchive.7z(59.91MB)
----RegionAnnotator_howtorun_template.sh(1KB)
----inspirationandtricks()
--------XMLInputTest.java(1KB)
--------tricks.txt(100B)
--------ExcelConverterBean.java(4KB)
--------bootstrapq.sql(594B)
----.classpath(781B)
----LICENSE.md(6B)
----inputReference()
--------gwas.catalog.txt(2.18MB)
--------mouse.knockout.txt(846KB)
--------psychiatric.cnvs.txt(11KB)
--------asd.genes.txt(8KB)
--------id.devdelay.genes.txt(89KB)
--------input2HUGOname.txt(4.72MB)
--------omim.txt(494KB)
----README.md(5KB)
----documentation.xlsx(11KB)