文件名称：基因注释
文件大小：7KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-17 02:04:22
Python
安装 该存储库仅包含独立脚本。 在运行之前，请确保安装要求： pip install -r requirements.txt 示例1：从UCSC GTF文件 从下载UCSC gtfToGenePred二进制文件 获取程序集的GTF和chromsizes文件（ -NP .参数确保如果文件已经存在，则不下载文件） wget -NP . https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/danRer10/bigZips/genes/danRer10.refGene.gtf.gz wget -NP . https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/danRer10/bigZips/danRer10.chrom.sizes 转换为Higlass兼容格式： cat danRer10.refGene.genepred |
【文件预览】：
gene_annotations-master
----scripts()
--------gjsonl_to_hgbed.py(5KB)
--------exonU.py(4KB)
--------gff_to_jsonl.py(2KB)
--------gjsonl_to_chromsizes.py(1KB)
--------genepredext_to_hgbed.py(2KB)
----README.md(2KB)