文件名称：变量重新映射：用于在两个任意FASTA程序集之间重新映射VCF变量的管道
文件大小：29KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-16 19:43:53
Nextflow
变量重映射 用于以FASTA格式在两个任意程序集之间重新映射VCF变量的管道。 不需要链文件。 方法：从每个变体的侧翼序列创建读段，然后使用bowtie2将它们映射到新的程序集。 目前，它仅是SNP和短indel，但尚未通过更大或更复杂的变体进行测试。 先决条件 要运行此管道，您将需要安装和配置 。 管道使用需要在本地下载和安装的其他软件。 您可以手动获取它们，也可以使用 。 使用conda安装 git clone https://github.com/EBIvariation/variant-remapping.git conda env create -f conda.yml conda activate variant-remapping pip install -r requirements.txt 无conda安装 下载并手动安装以下程序，并确保可执行文件在您的PATH 然
【文件预览】：
variant-remapping-master
----conda.yml(201B)
----docs()
--------Technical_notes.md(1KB)
--------Evaluating_pipeline.md(9KB)
--------README_nextflow.md(754B)
----main.nf(15KB)
----.github()
--------workflows()
----tests()
--------resources()
--------test_pipeline.sh(1KB)
----LICENSE(11KB)
----variant_remapping_tools()
--------replace_refs.py(2KB)
--------tests()
--------reverse_strand.py(6KB)
----requirements.txt(44B)
----.gitignore(5B)
----remapping_commands.sh(8KB)
----README.md(3KB)