文件名称：UNCALLED:原始的纳米Kong信号作图仪，可进行实时靶向测序
文件大小：230KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-03 11:43:32
C++
取消通话 甲Utility处理对于N ANOPOREÇurrent铝ignment到d NA L的ARGEëxpanses 读取映射器，可将原始的纳米Kong信号快速对准DNA参考 在牛津纳米Kong（ONT）MinION或GridION 基于软件的靶向测序 还包括一个模拟器，该模拟器可用于使用来自先前纳米Kong运行的原始信号数据来预测在给定参考物上可实现多少富集。 安装 > pip3 install git+https://github.com/skovaka/UNCALLED.git --user 或者 > git clone --recursive https://github.com/skovaka/UNCALLED.git > cd UNCALLED > python3 setup.py install --user 要求python> = 3.6，只读直到== 3.0.
【文件预览】：
UNCALLED-master
----setup.py(4KB)
----.gitignore(25B)
----uncalled_logo_small.png(15KB)
----Makefile(3KB)
----src()
--------fast5_reader.cpp(7KB)
--------uncalled_sim.cpp(4KB)
--------map_pool_ord.hpp(2KB)
--------event_detector.cpp(9KB)
--------mapper.hpp(7KB)
--------util.hpp(2KB)
--------seed_tracker.cpp(8KB)
--------event_profiler.hpp(4KB)
--------map_pool.hpp(2KB)
--------Makefile_bwa(3KB)
--------bwa_index.hpp(11KB)
--------chunk.hpp(2KB)
--------realtime_pool.hpp(4KB)
--------pybinder.cpp(3KB)
--------self_align_ref.cpp(3KB)
--------normalizer.hpp(2KB)
--------range.cpp(3KB)
--------uncalled_map.cpp(2KB)
--------range.hpp(2KB)
--------conf.hpp(12KB)
--------bp.hpp(5KB)
--------fast5_reader.hpp(4KB)
--------map_pool.cpp(4KB)
--------toplevel_prms.hpp(2KB)
--------mapper.cpp(27KB)
--------event_profiler.cpp(229B)
--------seed_tracker.hpp(3KB)
--------client_sim.hpp(10KB)
--------read_buffer.hpp(6KB)
--------uncalled_map_ord.cpp(2KB)
--------read_buffer.cpp(9KB)
--------realtime_pool.cpp(10KB)
--------dtw_test.cpp(5KB)
--------self_align_ref.hpp(1KB)
--------find_repeats.cpp(3KB)
--------pore_model.hpp(5KB)
--------chunk.cpp(3KB)
--------normalizer.cpp(3KB)
--------dtw.hpp(6KB)
--------model_r94.inl(38KB)
--------client_sim.cpp(7KB)
--------map_pool_ord.cpp(3KB)
--------event_detector.hpp(3KB)
----MANIFEST.in(29B)
----LICENCE(1KB)
----.gitmodules(555B)
----scripts()
--------uncalled(11KB)
----README.md(16KB)
----example()
--------fast5_filename.txt(94B)
--------example_ref.fa(10KB)
--------GXB01153_20180730_FAH86930_GA30000_mux_scan_Zymo_CS_LSK109_29137_read_101_ch_486_strand.fast5(52KB)
--------README.md(984B)
--------index()
--------run_example.sh(343B)
----uncalled()
--------args.py(10KB)
--------sim_utils.py(13KB)
--------__init__.py(101B)
--------minknow_client.py(7KB)
--------debug.py(19KB)
--------index.py(7KB)
--------conf()
--------pafstats.py(7KB)
----submods()
--------bwa()
--------toml11()
--------fast5()
--------hdf5()
--------pdqsort()
----masking()
--------mask_kmers.py(2KB)
--------README.md(3KB)
--------mask_internal.sh(1KB)
--------mask_external.sh(2KB)
----sim_scripts()
--------est_bed_yield.py(3KB)
--------README.md(2KB)
--------est_genome_yield.py(4KB)