文件名称：STRique:纳米Kong原始信号重复检测管线
文件大小：974KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-07 17:44:06
nanopore signal-processing Python
斯特里克 STRique是一个python软件包，用于分析牛津纳米Kong技术（ONT）长读测序数据中的短串联重复序列（STR）的重复序列扩展和甲基化状态。 请参考以获取安装和使用说明。 首先， 一章介绍了可用的安装选项，具体取决于操作系统和现有环境。 在“一章中，演示了逐步分析纳米Kong的覆盖重复扩展的读数。 引文 如果您在工作中使用STRique，请引用： Giesselmann，P.，Brändl，B.，Raimondeau，E。等。 短串联重复序列扩增及其甲基化状态的纳米Kong测序分析。 Nat Biotechnol（2019）doi：10.1038 / s41587-019-0293-x
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STRique-master
----setup.py(4KB)
----.gitignore(1KB)
----Dockerfile(2KB)
----requirements.txt(233B)
----data()
--------c9orf72.fa(35KB)
--------c9orf72.fast5(368KB)
--------c9orf72.sam(45KB)
----src()
--------score_distance.h(9KB)
--------align_raw.h(7KB)
--------pyalign.cpp(3KB)
--------CMakeLists.txt(2KB)
----.dockerignore(85B)
----.travis.yml(2KB)
----submodules()
--------seqan()
--------pybind11()
--------ont_fast5_api()
----models()
--------r9_4_450bps.model(194KB)
--------r9_4_450bps_mCpG.model(183KB)
----LICENSE(1KB)
----.gitmodules(290B)
----scripts()
--------fast5Masker.py(4KB)
--------STRique.py(50KB)
--------STRique_test.py(7KB)
----README.md(2KB)
----configs()
--------repeat_config.tsv(716B)
--------STRique.json(602B)
----mkdocs.yml(3KB)
----STRique_lib()
--------__init__.py(0B)
--------fast5Index.py(15KB)
----docs()
--------images()
--------requirements.txt(16B)
--------index.md(609B)
--------citation.md(261B)
--------examples()
--------release-notes.md(653B)
--------license.md(1KB)
--------installation()
----CMakeLists.txt(4KB)