文件名称：scIdx:使用Alevin创建诱饵识别索引以进行scRNA-seq定量
文件大小：9KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-02 23:11:03
R
单细胞 此回购包含了一些代码来构建与scRNA-SEQ数据的量化诱饵感知指数。 conda正在安装软件，有关确切的软件版本，请参见。 创建一个Alevin指数 基于Gencode注释（vM25，小鼠），使用整个基因组作为诱饵，与Alevin进行选择性比对，创建一个包含剪接和未剪接计数的索引。 我们可能永远不会需要速度，但是如果需要的话，那么使用此索引就可以轻松获得它。 为此，创建一个单独的conda环境。 #/ Create the envir: conda create --name alevin_idx #/ Save the software with the respective versions (#software-versions-used) as a plain text file alevin_idx_software.txt and then run: conda in
【文件预览】：
scIdx-main
----man()
--------GBcluster.Rd(1KB)
--------NormalizeDeconvolution.Rd(840B)
--------PlotXY.Rd(670B)
----NAMESPACE(110B)
----.DS_Store(6KB)
----.Rbuildignore(28B)
----R_other()
--------make_alevin_idx.R(2KB)
----Bash()
--------make_alevin_idx.sh(1KB)
----.gitignore(50B)
----NEWS(28B)
----DESCRIPTION(508B)
----README.md(8KB)