文件名称：rala:布局模块，用于长时间未校正读段的原始从头基因组组装
文件大小：357KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-13 03:17:22
C++
拉拉 长时间未校正读段的原始DNA组装的布局模块。 描述 Rala旨在用作独立的布局模块，以组装由第三代测序产生的原始读取。 通过检查序列堆积图，它可以修剪序列衔接子，清除嵌合序列并去除重复诱导的重叠。 之后，将以默认方式构建并简化装配图，即应用传递减少，倾斜和气泡弹出。 通过在力导向放置算法的帮助下将图形放置在2D平面中，可以解决剩余的缠结，并去除长边（参见下面的图）。 Rala将两个文件作为输入：FASTA / FASTQ格式的序列和PAF / MHAP格式的它们之间的重叠。 两个输入文件都可以使用gzip压缩。 输出是FASTA格式的一组重叠群。 为了获得最佳性能，Rala应该与minimap（或minimap2）一起运行两次，以改善k-mer过滤带来的重复注释。 可以在下面看到一个示例运行（在minimap2版本的misc/raven.sh找到）： minimap -t <
【文件预览】：
rala-master
----.gitignore(52B)
----src()
--------overlap.hpp(3KB)
--------graph.hpp(4KB)
--------sequence.hpp(1KB)
--------graph.cpp(73KB)
--------overlap.cpp(8KB)
--------main.cpp(4KB)
--------pile.cpp(20KB)
--------sequence.cpp(2KB)
--------pile.hpp(4KB)
----.travis.yml(999B)
----LICENSE(1KB)
----.gitmodules(294B)
----README.md(4KB)
----vendor()
--------thread_pool()
--------bioparser()
--------logger()
----misc()
--------plotter.py(6KB)
--------false_overlap.png(36KB)
--------chimeric_read.png(22KB)
--------frucht.py(983B)
--------force_directed_layout.png(275KB)
--------raven.sh(731B)
----test()
--------rast.cpp(7KB)
----CMakeLists.txt(1KB)