文件名称：racon:超快速共有模块，用于长的未校正读段的原始从头基因组组装
文件大小：2.95MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 06:02:59
C++
拉康 共识模块，用于长未校正读段的原始DNA从头组装。 描述 Racon旨在作为独立的共识模块，以纠正不包括共识步骤的快速组装方法生成的原始重叠群。 Racon的目标是与通过使用纠错和共识步骤的组装方法生成的输出相比，生成质量相似或更好的基因组共识，同时提供比那些方法快几倍的速度。 它支持Pacific Biosciences和Oxford Nanopore Technologies产生的数据。 Racon可以与Illumina数据或第三代测序产生的数据组装后用作抛光工具。 自动检测输入的数据类型。 Racon仅将三个文件作为输入：FASTA / FASTQ格式的重叠群，FASTA / FASTQ格式的读取和MHAP / PAF / SAM格式的读取和重叠群之间的重叠/对齐。 输出是打印到stdout的一组FASTA格式的抛光重叠群。 可以使用gzip压缩所有输入文件（这将影响解析时
【文件预览】：
racon-master
----.gitignore(74B)
----Makefile(728B)
----src()
--------overlap.hpp(3KB)
--------logger.hpp(1KB)
--------version.hpp.in(722B)
--------polisher.cpp(20KB)
--------cuda()
--------polisher.hpp(3KB)
--------meson.build(605B)
--------sequence.hpp(2KB)
--------window.cpp(5KB)
--------overlap.cpp(10KB)
--------logger.cpp(1KB)
--------main.cpp(8KB)
--------window.hpp(2KB)
--------sequence.cpp(2KB)
----.travis.yml(1KB)
----LICENSE(1KB)
----.gitmodules(508B)
----meson.build(4KB)
----scripts()
--------racon_preprocess.py(3KB)
--------racon_wrapper.py(10KB)
----README.md(7KB)
----vendor()
--------edlib()
--------thread_pool()
--------rampler()
--------meson.build(1KB)
--------GenomeWorks()
--------spoa()
----meson_options.txt(106B)
----test()
--------data()
--------meson.build(443B)
--------racon_test_config.h.in(170B)
--------racon_test.cpp(19KB)
----CMakeLists.txt(5KB)
----subprojects()
--------zlib.wrap(404B)
--------gtest.wrap(434B)