文件名称：recNW:快速递归成对比对器，用于靶向测序
文件大小：1.31MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 19:00:34
C++
RecNW：递归Needleman-Wunsch对准器 RecNW是用C ++编写并使用Cython编译的Python软件包，可以用作Python命令行工具或Python函数。 该存储库包含Alexandre Yahi，Tuuli Lappalainen，Pejman Mohammadi +和Nicholas P Tatonetti + （ +共同资深作者）撰写的论文。 RecNW对于分析目标序列数据特别有用，在该序列中，读数需要与特定参考序列进行比对。 RecNW通过以下方式利用读取的相似性：1 /对读取进行重复数据删除并仅对齐唯一的读取，2 /对读取进行排序并递归重用对齐矩阵的块，以加快计算速度。 快速开始 主要依赖项： Cython 。 示例代码和命令行工具是为Python 2.7编写的。 要安装RecNW并为您的计算机编译它（Linux / Mac）： git clone g
【文件预览】：
recNW-master
----data()
--------sim_sample_1.fastq.gz(392KB)
--------ACCS.fasta(166B)
--------sim_sample_2.fastq.gz(558KB)
--------sim_sample_3.fastq.gz(385KB)
----recnw.py(3KB)
----LICENSE(11KB)
----cython_recnw()
--------setup.py(484B)
--------recnw_cython.pyx(8KB)
--------recnw_cython.cpp(483KB)
--------recnw.cpp(23KB)
--------recnw.h(954B)
----README.md(9KB)