文件名称:NWAlignment:Needleman-Wunsch比对工具,用于成对序列比对
文件大小:19KB
文件格式:ZIP
更新时间:2024-04-02 18:31:04
C++
#NWAlignment 该工具旨在根据执行成对序列比对。 当前程序版本使用简单的评分系统,其中差距和不匹配得分为-1,匹配定义为+1。 ###要求: > =版本3.10 C ++ 20标准 编译: 导航到“代码”目录cd Code 创建一个名为“ build”的文件夹mkdir build 导航到新生成的文件夹cd build 使用cmake编译项目cmake .. 生成可执行文件make 运行程序,如下所示 ###用法:允许的参数: 短的 长 类型 描述 -一世 - 输入 细绳 输入的seuqnece文件的路径(FASTA格式,结尾为.fa或.fasta -o - 输出 细绳 输出文件的路径(任何文件格式) -H - 帮助 -- 显示一些帮助性文字和使用信息 笔记: 要执行对齐,必须定义输入和输出文件 帮助请求被视为单个参数 示例运行: 进行对
【文件预览】:
NWAlignment-main
----.gitignore(293B)
----README.md(1KB)
----Code()
--------main.cpp(4KB)
--------CMakeLists.txt(574B)
--------sequence.h(3KB)
--------matrix.h(16KB)
--------alignment.cpp(4KB)
--------FASTA()
--------nucleotide.cpp(1KB)
--------alignment.h(2KB)
--------sequence.cpp(3KB)
--------.idea()
--------nucleotide.h(695B)
----Data()
--------output.align(150B)
--------input.fa(383B)
----.idea()
--------.gitignore(176B)
--------NWAlignment.iml(281B)
--------vcs.xml(180B)
--------modules.xml(274B)