文件名称：mosdepth：用于WGS，外显子组或靶向测序的快速BAMCRAM深度计算
文件大小：1MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-24 08:50:00
coverage nim genome sequencing depth
快速的BAM / CRAM深度计算的WGS ，外显子组或靶向测序。
mosdepth可以输出：
每个碱基的深度约为快速samtools depth 2 samtools depth -30倍基因组的CPU时间约为25分钟。
给定窗口大小的平均每个窗口深度-用于CNV调用。
给定区域的BED文件的平均每个区域。
给定窗口大小的平均或中位数每区域累积覆盖率直方图
每个染色体和全基因组的指定阈值以上的碱基所占比例的分布。
合并相邻碱基的量化输出，只要它们落入相同的覆盖区域即可，例如（10-20）
阈值输出，以指示在给定阈值下每个区域覆盖了多少个碱基。
每个染色体以及每个染色体指定区域内的平均深度的摘要。
文件（比bigwig更好）。
在适当的情况下，将输出文件进行bgzip压缩并建立索引以便于使用。
用法
mosdepth 0.3.0
Usage: mosdepth [options]
【文件预览】：
mosdepth-master
----int2str.nim(3KB)
----.github()
--------workflows()
----CHANGES.md(4KB)
----scripts()
--------hbb.sh(424B)
--------build.sh(377B)
--------install.sh(1KB)
--------plot-threads.py(770B)
--------compare-time.sh(2KB)
--------plot-dist.py(4KB)
----depthstat.nim(2KB)
----mosdepth.nim(30KB)
----nim.cfg(469B)
----.travis.yml(441B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(16KB)
----functional-tests.sh(5KB)
----mosdepth.nimble(389B)
----tests()
--------all.nim(13B)
--------empty-tids.bed(3KB)
--------bad.bed(77B)
--------funcs.nim(2KB)
--------unordered.bed(16B)
--------empty-tids.bam.bai(2KB)
--------overlapping-pairs.bam.bai(368B)
--------nanopore.bam.bai(3KB)
--------ovl.bam(3KB)
--------track.bed(74B)
--------ovl.bam.bai(784B)
--------nim.cfg(25B)
--------big.bam.csi(98B)
--------empty-tids.bam(710KB)
--------nanopore.bam(276KB)
--------big.bam(194B)
--------missing.bed(0B)
--------overlapping-pairs.bam(688B)
----.gitignore(121B)