文件名称：LEVIATHAN:具有条形码索引的基于链接读取的结构变异调用者
文件大小：51.07MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-22 22:07:24
C++
列维坦 LEVIATHAN（带有条形码索引的基于链接读取的结构变体调用程序）是用于链接读取数据的结构变体调用方法。 LEVIATHAN将BAM文件作为输入，该文件可以由链接读取专用映射器（例如Long Ranger）生成，也可以由任何其他比对器生成，前提是对读取进行了预处理，以便从其序列中提取条形码并将其附加到标题（例如使用Long Ranger Basic）。 LEVIATHAN以VCF格式输出SV。 LEVIATHAN首先通过使用LRez对整个BAM文件中条形码的出现位置进行索引。 然后，它依赖于两个不同的步骤。 第一个计算参考基因组区域对之间的通用条形码数量，以突出显示SV候选对象，这是共享比预期更多条形码的远距离区域对。 然后，第二步是提炼步骤，并依靠经典的短读方法进一步分析这些SV候选对象，确定实际SV的类型和断点，并过滤掉假阳性。 要求 基于Linux的操作系统。 g ++
【文件预览】：
LEVIATHAN-master
----.gitmodules(143B)
----install.sh(88B)
----src()
--------SVValidation.cpp(4KB)
--------SVOuput.cpp(4KB)
--------alignmentsProcessing.cpp(5KB)
--------candidatesProcessing.cpp(11KB)
--------misc.cpp(5KB)
--------main.cpp(6KB)
--------help.cpp(2KB)
--------globalVariables.cpp(586B)
--------genomeProcessing.cpp(3KB)
--------supportComputation.cpp(5KB)
--------include()
--------barcodesProcessing.cpp(9KB)
----example()
--------genome.fasta(5.34MB)
--------example.bam(49.42MB)
--------example.bam.bai(2KB)
----main.cpp(31KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(5KB)
----Makefile(1KB)
----CTPL()
----LRez()