文件名称：RNAseqProcessing:Ryten Lab中用于处理RNA测序的R包
文件大小：2.24MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 21:13:49
HTML
RNAseq处理 目标 。 提供从QC到比对和定量的RNA-seq处理步骤的脚本。 使用包装 安装包装 要使用，请从github安装。 可以使用以下代码行完成此操作： install.packages( " devtools " ) library( devtools ) install_github( " RHReynolds/RNAseqProcessing " ) 从命令行调用工具 所有工具的可执行文件已经下载到/tools/ 。 要运行下面的所有脚本，假定您能够从命令行调用各种工具，而不必指向它们在服务器上的确切位置。 为此，请在主目录中编辑.profile： cd nano .profile 然后确保每个工具（fastp，STAR等）都有一个export PATH行，该行将告诉bash在/tools/查找命令。 例如，对于fastp，添加： export PATH="/
【文件预览】：
RNAseqProcessing-master
----RNAseqProcessing.Rproj(386B)
----NAMESPACE(418B)
----alignment()
--------STAR_splice_junction_merge.R(3KB)
--------STARmanual.pdf(292KB)
--------STAR_alignment_withReadGroups_multi2pass.R(6KB)
--------alignment.md(14KB)
----quantification()
--------quantification.md(11KB)
--------quantification_Salmon.R(6KB)
----DESCRIPTION(445B)
----R()
--------leafcutter_functions.R(9KB)
--------prealignmentQC_CommonTrimmingFunctions.R(2KB)
--------alignment_CommonFunctions.R(12KB)
----comparison_trimmomatic_fastp()
--------figures()
--------prealignmentQC_trimmomatic_fastQC_multiQC.R(6KB)
--------prealignmentQC_comparison_workflow.Rmd(19KB)
--------workflow.sh(1KB)
--------prealignmentQC_fastp.R(7KB)
--------prealignmentQC_comparison_workflow.html(2.33MB)
--------Comparison.md(1KB)
--------prealignmentQC_fastp_noperreadcutting.R(8KB)
----analysis()
--------leafcutter_ds_multi_pairwise.R(6KB)
--------leafcutter.md(8KB)
--------leafviz_multi_pairwise.R(4KB)
----.Rbuildignore(42B)
----README.md(5KB)
----man()
--------create_group_files_multi_pairwisecomp.Rd(2KB)
--------convert_STAR_SJ_to_junc.Rd(1KB)
--------get_star_parameters_sjdb.Rd(568B)
--------get_fastqc_for_STAR_df.Rd(883B)
--------get_star_parameters_set.Rd(454B)
--------load_sj_df.Rd(497B)
--------call_RSeQC_modules.Rd(741B)
--------get_salmon_parameters_set.Rd(439B)
--------get_bam_df.Rd(800B)
--------call_samtools_sort_index.Rd(639B)
--------make_results_dir.Rd(553B)
--------get_fastp_df.Rd(929B)
--------run_leafviz.Rd(697B)
----.gitignore(40B)
----QC()
--------prealignmentQC_fastp_PEadapters.R(6KB)
--------prealignmentQC_fastp_notrimming.R(6KB)
--------post_alignment_QC_RSeQC.R(7KB)