文件名称：SeqLib:C ++ htslibbwa-memfermi接口，用于查询序列数据
文件大小：363KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 23:53:01
c-plus-plus sequence-alignments htslib bwa-mem fermi
HTSlib，BWA-MEM和Fermi的C ++接口 许可证： API文档 引文 如果您在应用程序中使用SeqLib，请引用： ://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/12/21/bioinformatics.btw741.full.pdf+html 请注意，使用-O3 -DNDEBUG编译SeqAn时，应将表2中SeqAn基准测试的值校正为7.7 Gb内存和33.92秒的CPU时间。 SeqAn还可以进行全字符串解压缩。 SeqAn的挂墙时间可能比CPU时间短，因为它在BAM IO期间使用嵌入式多线程。 目录 安装 ####### git clone --recursive https://github.com/walaj/SeqLib.git cd SeqLib # # cd htslib && ./c
【文件预览】：
SeqLib-master
----Makefile.am(241B)
----.gitignore(255B)
----Makefile.in(24KB)
----bwa()
----configure(186KB)
----src()
--------Makefile.am(324B)
--------.clang-format(603B)
--------BamWriter.cpp(3KB)
--------Makefile.in(50KB)
--------ssw.c(27KB)
--------FastqReader.cpp(1KB)
--------SeqPlot.cpp(2KB)
--------ssw_cpp.cpp(14KB)
--------BamReader.cpp(11KB)
--------seqtools()
--------BFC.cpp(7KB)
--------non_api()
--------ReadFilter.cpp(24KB)
--------RefGenome.cpp(1KB)
--------jsoncpp.cpp(154KB)
--------FermiAssembler.cpp(6KB)
--------BamRecord.cpp(21KB)
--------GenomicRegion.cpp(8KB)
--------BWAWrapper.cpp(21KB)
--------BamHeader.cpp(6KB)
----config.h.in(1KB)
----.travis.yml(3KB)
----Doxyfile(110KB)
----LICENSE(557B)
----configure.ac(2KB)
----.travis.scripts()
--------travis-before-install.sh(604B)
--------builddox.sh(12B)
--------publish-doxygen.sh(1KB)
--------coveralls.sh(1KB)
--------clang.sh(554B)
--------travis-install.sh(425B)
----SeqLib()
--------BamHeader.h(4KB)
--------SeqLibCommon.h(4KB)
--------ssw_cpp.h(8KB)
--------GenomicRegionCollection.cpp(19KB)
--------FermiAssembler.h(4KB)
--------aho_corasick.hpp(17KB)
--------BamWriter.h(3KB)
--------GenomicRegion.h(6KB)
--------ssw.h(8KB)
--------SeqLibUtils.h(4KB)
--------BamRecord.h(32KB)
--------GenomicRegionCollection.h(12KB)
--------IntervalTree.h(7KB)
--------BamReader.h(9KB)
--------BWAWrapper.h(7KB)
--------BamWalker.h(2KB)
--------BFC.h(4KB)
--------ReadFilter.h(17KB)
--------UnalignedSequence.h(2KB)
--------RefGenome.h(1KB)
--------SeqPlot.h(2KB)
--------FastqReader.h(1KB)
--------ThreadPool.h(577B)
----.gitmodules(231B)
----depcomp(16KB)
----install-sh(9KB)
----missing(11KB)
----README.md(13KB)
----htslib()
----seq_test()
--------Makefile.am(744B)
--------Makefile.in(63KB)
--------configure(185KB)
--------config.h.in(2KB)
--------configure.ac(2KB)
--------seq_test.cpp(40KB)
----benchmark()
--------Makefile(1KB)
--------benchmark.cpp(6KB)
----autogen.sh(77B)
----fermi-lite()
----json()
--------json.h(76KB)
--------json-forwards.h(15KB)
----issue_tracking.md(5KB)