基因路径：确定装配体中的基因顺序和方向

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文件名称：基因路径：确定装配体中的基因顺序和方向
文件大小：322KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-02-17 14:07:15
C++ 基因途径 确定装配体中的基因顺序和方向。 要求 C ++编译器 BLAST +套件（ blastn ， makeblastdb ） 安装 cd src && make && make test 用法 gene-paths --help gene-paths -g examples/assembly.gfa -f examples assembly.fna -q examples/query1.gfa 背景 动机 开发这些工具是为了帮助回答以下问题：“基因相对于哪里？” 例如，在键入金黄色葡萄球菌SCCmec盒时，IS431是在mecA基因的上游还是下游以及是否反向是很重要的。 如果特征在基因组装配体中的一个重叠群上，这个问题很容易回答。 不幸的是，通常情况并非如此，尤其是当涉及重复和移动元素时。 看来，如果我们在不同的重叠群上找到特征A和B，那我们就倒霉了。 不知道重叠群之间是什么，

【文件预览】：
gene-paths-master
----src()
--------gfapaths.cpp(2KB)
--------gene-paths.cpp(4KB)
--------gfa2logic.cpp(1KB)
--------parsegfa.cpp(3KB)
--------gfagraph.cpp(7KB)
--------gfapaths.h(2KB)
--------unit-test()
--------gfa2logic.h(3KB)
--------Makefile(460B)
--------utils.h(1KB)
--------utils.cpp(2KB)
--------parsegfa.h(1KB)
--------gfagraph.h(7KB)
--------gfakluge()
----LICENSE(34KB)
----README.md(6KB)
----.gitignore(33B)