文件名称：tapestry:验证和编辑小型真核基因组装配体
文件大小：1.86MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-12 13:27:33
HTML
挂毯 Tapestry是一种使用长序列阅读来验证和编辑小型真核基因组装配体的工具。 它旨在帮助识别接近完整的基因组装配体中的完整染色体，共生体，单倍型，复杂特征和错误。 在上有预印本。 它已被用来验证染色体。 Tapestry将基因组程序集，一组长读和一个端粒序列作为输入，并生成概述该程序集HTML报告。 该报告可用于根据摘要信息对重叠群进行排序，过滤和描述。 可以从报告中导出一组新的重叠群，并用于过滤原始装配。 该报告旨在与合作者共享以解释基因组装配，或者可能作为基因组论文的补充材料而包括在内。 Tapestry设计用于手动编辑可能小于50 Mb和小于500重叠群的小型真核基因组装配体。 它可以在较大的程序集上运行，但速度较慢，并且某些功能将被禁用。 入门 安装 Tapestry在存储库中。 如果您设置为使用Bioconda（请参阅conda和），请安装最新版本的conda ：
【文件预览】：
tapestry-master
----clean(3KB)
----weave(2KB)
----example()
--------c_merolae_simulated.filtered.csv(3KB)
--------c_merolae_simulated.tapestry_report.html(4.36MB)
----LICENSE(1KB)
----setup.py(512B)
----README.md(17KB)
----tapestry()
--------report()
--------misc.py(7KB)
--------alignments.py(23KB)
--------_version.py(22B)
--------__init__.py(0B)
--------contig.py(11KB)
--------assembly.py(16KB)