【文件属性】：
文件名称：SeqSounder:确定基因序列覆盖深度的“声音”
文件大小：61KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-15 18:13:54
Java
SeqSounder
确定基因序列覆盖范围的“声音”。 这实际上只是一个测试，但对某人可能有用。
建造
从github结帐
./gradlew jar从主目录中。 这将产生一个SeqSounder-VERSION.jar文件
使用
尝试使用java -jar SeqSounder-VERSION.jar -h以获得选项列表。 输出将是一个“报告”文件，以及（可选）一个BedGraph格式的文件或“ coverage fasta”文件。 您必须至少提供一个bam文件...
如果您未指定任何间隔（使用-l或-r ），则输出文件将变得非常大。 使用-z选项-z CPU的磁盘空间，以在写入较大文件时压缩它们。
提取低于一定覆盖率的区域
我更喜欢使用“ BedGraph”输出。 对于名为sample.bam的bam文件，目标间隔为intervals.bed ，如果运行：
java -Xmx2g
【文件预览】：
SeqSounder-master
----gradlew.bat(2KB)
----gradlew(5KB)
----gradle()
--------wrapper()
----src()
--------main()
----.gitignore(66B)
----README.md(1KB)
----settings.gradle(33B)
----build.gradle(448B)