【文件属性】：
文件名称：coverage-depth:使用Apache Spark生成基因组覆盖深度直方图
文件大小：97KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-12 19:09:59
Scala
覆盖深度
分析一个或多个BAM文件中的覆盖率，可以选择与“间隔文件”（例如.bed捕获套件.bed ） .bed 。
该工具计算有关一组或两组读数（例如.bam ）的覆盖深度统计信息，还可以选择获取间隔文件（例如.bed ，表示某些上游分析（例如全外显子组测序）的“目标基因座”），并生成目标上的基因座，目标外的基因座和总数的覆盖深度统计信息。
当使用间隔文件在两个样本上运行时，对于所有（X，Y），它可以绘制一个样本中≥X深度而另一个样本中≥Y深度覆盖的目标基因座的比例：
本地运行
在：
$SPARK_HOME /bin/spark-submit \
--properties-file $spark_props \
--class org.hammerlab.coverage.Main \
$COVERAGE_JAR \
--intervals-file $interv