文件名称：data-ingest:将单细胞实验数据摄取到Biomage Platform中的管道
文件大小：36KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-11 04:29:14
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数据获取 将数据提取到Biomage中的应用程序 设置 此存储库包含一个泊坞窗化脚本，该脚本对实验结果文件进行数据处理和过滤，并将结果加载到Biomage单细胞平台中。 这包括以下步骤： 确保已安装Docker-docker-compose。 确保~/.aws AWS凭证正确无误。 您可能需要增加虚拟机正在使用的RAM数量。 转到macOS栏中的Docker图标，然后单击首选项。 单击资源，然后增加内存滑块。 确保在此项目的根目录下有一个input/和output/文件夹。 确保这些文件夹为空。 否则，它们的内容会在运行脚本后污染结果。 唯一的例外是必须存在于input/文件夹中的meta.json文件。 转到S3到biomage-originals-production桶。 您应该看到几个文件夹。 它们每个都包含用户的未处理实验结果。 导航到包含要预处理并在平台中加载的分析文件的
【文件预览】：
data-ingest-master
----.gitignore(42B)
----Dockerfile(1KB)
----requirements.txt(55B)
----src()
--------5_Upload-to-aws.py(8KB)
--------.DS_Store(6KB)
--------docker-entrypoint.sh(367B)
--------4_Prepare_experiment.r(11KB)
--------color_pool.json(6KB)
--------2-2_Compute-metrics_scrublet.py(1KB)
--------1_Preproc.r(6KB)
--------help.r(2KB)
--------2-1_Compute-metrics_emptyDrops.r(2KB)
--------3_Seurat.r(6KB)
--------QC_helpers()
--------pre_run_test.py(378B)
----LICENSE(1KB)
----docker-compose.yaml(272B)
----docker-compose-dev.yaml(275B)
----README.md(2KB)
----data-ingest.code-workspace(572B)
----.flake8(29B)
----.lintr(51B)