文件名称：MulEA：MulEA-多种富集分析工具
文件大小：143KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-12 22:01:52
R
MulEA-多种富集分析工具 简短的介绍 快速分析生物学数据，这些结果可以很好地解释。 安装 # TODO : install.packages('pathToReleaseOnGithub') 示例运行 加载库并加载示例输入数据： library(MulEA) muleaPkgDir <- find.package("MulEA") modelDfFromFile <- MulEA::readGmtFileAsDataFrame( gmtFilePath = paste(muleaPkgDir,"/extdata/model.gmt", sep = "")) selectDf <- read.csv2(file = './inst/extdata/selectData.csv') select <- selectDf[['select']] selectScores <- sele
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MulEA-master
----.gitignore(96B)
----NAMESPACE(311B)
----vignettes()
--------MulEA.Rmd(15KB)
----R()
--------Plotting.R(11KB)
--------MulEA-package.R(131B)
--------SetBasedTest.R(8KB)
--------MuleaData.R(1KB)
--------RcppExports.R(288B)
--------Mulea.R(220B)
--------SubramanianTest.R(3KB)
--------GenericFunctions.R(2KB)
--------Utils.R(3KB)
--------SetBasedEnrichmentTest.R(12KB)
--------KolmogorovSmirnovTest.R(3KB)
--------Methods.R(5KB)
--------HypergeometricTest.R(3KB)
--------RankedBasedTest.R(4KB)
----src()
--------.gitignore(15B)
--------RcppExports.cpp(1KB)
--------set-based-enrichment-test.cpp(5KB)
----LICENSE(11KB)
----MulEA.Rproj(359B)
----man()
--------runTest-methods.Rd(2KB)
--------ORA-class.Rd(4KB)
--------KolmogorovSmirnovTest-class.Rd(1KB)
--------MuleaHypergeometricTest-class.Rd(1KB)
--------SubramanianTest-class.Rd(1KB)
--------InputOutputFunctions.Rd(3KB)
--------SetBasedEnrichmentTest-class.Rd(1KB)
--------RankedBasedTest-class.Rd(2KB)
----README.md(6KB)
----tests()
--------testthat.R(54B)
--------testthat()
----inst()
--------extdata()
----dev()
--------test_ORA.R(2KB)
--------ranked_bar.png(8KB)
--------ZzzDevelopment.R(3KB)
--------ora_graph.png(9KB)
--------ora_bar.png(9KB)
--------ora_detailed_res.png(35KB)
--------ranked_graph.png(9KB)
--------ora_heatmap.png(8KB)
--------test.R(6KB)
--------test_GSEA.R(2KB)
--------ranked_heatmap.png(8KB)
--------ora_results.png(23KB)
--------testPlot.R(12KB)
----DESCRIPTION(2KB)