文件名称：GSEApy:Python中的基因集富集分析
文件大小：4.18MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 09:00:53
go enrichment-analysis gsea Python
GSEApy GSEApy：Python中的基因集富集分析。 有关使用GSEApy的示例，请单击此处： 发行说明： : 常见问题解答： GSEApy是GSEA和包装器Enrichr Python实现。 GSEApy可用于RNA序列，ChIP序列，微阵列数据。 它可用于方便的GO富集并以python生成出版物质量数据。 GSEApy有六个可用的子命令： gsea ， prerank ， ssgsea ， replot enrichr ， biomart 。 gsea： gsea模块产生GSEA结果。 输入以gmt格式查询txt文件（FPKM，预期计数，TPM等），cls文件和gene_sets文件。 预排名： prerank模块产生预排名工具结果。 输入期望以.rnk格式提供的具有相关值的预排序基因列表数据集，并以gmt格式提供gene_sets文件。 prer
【文件预览】：
GSEApy-master
----MANIFEST.in(49B)
----README.rst(9KB)
----test-requirements.txt(42B)
----.github()
--------ISSUE_TEMPLATE()
--------workflows()
----requirements.txt(79B)
----.travis.yml(1KB)
----LICENSE(1KB)
----condatest.sh(1KB)
----setup.py(3KB)
----gseapy()
--------utils.py(4KB)
--------enrichr.py(21KB)
--------parser.py(14KB)
--------__init__.py(204B)
--------gsea.py(49KB)
--------__main__.py(21KB)
--------data()
--------algorithm.py(30KB)
--------stats.py(5KB)
--------plot.py(22KB)
----docs()
--------GSEA_explain.png(625KB)
--------make.bat(7KB)
--------docs-requirements.txt(122B)
--------introduction.rst(5KB)
--------conf.py(9KB)
--------enrichr.PNG(179KB)
--------gseapy_OCT4_KD.png(34KB)
--------GSEA_OCT4_KD.png(38KB)
--------gseapy_tutorial.rst(10KB)
--------gseapy_example.ipynb(759KB)
--------index.rst(4KB)
--------Makefile(7KB)
--------SingleSampleGSEA.jpg(3KB)
--------_build()
--------run.rst(592B)
----tests()
--------test.ssgsea.R.r(3KB)
--------test_commands.py(2KB)
--------test.ssgsea.gseapy.py(6KB)
--------ssgsea.R(3KB)
--------comparison.zip(52KB)
--------data()
----.gitignore(261B)