文件名称：ocean:R包用于代谢酶富集分析
文件大小：9.8MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-04-08 02:11:09
R
海洋 R包用于代谢酶富集分析 概述 代谢组学数据集所包含的功能洞察力目前尚未得到充分利用。这部分是由于代谢React网络的复杂性以及React通量和代谢物丰度之间的间接关系。然而，基于足迹的方法已经在数十种其他眼科数据集（如转录组和磷酸化蛋白质组学）的背景下可用。在这里，我们介绍ocEAn，该方法可从recon2React网络的简化精简版本中定义代谢酶的足迹，并以与激酶底物相同的方式，使用它们来探索代谢物丰度相对于代谢酶的相对位置的协调失调。和TF-targets富集分析。 教程 安装软件包（从github使用devtools）： # # If needed instal devtool package install.packages( " devtools " ) # # instal COSMOS library( devtools ) install_github( " saez
【文件预览】：
ocean-master
----tutorial.R(3KB)
----man()
--------makeContrastsAlt.Rd(751B)
--------remove_cofactors.Rd(486B)
--------model_to_pathway_sif.Rd(956B)
--------ttop_list_to_t_table.Rd(313B)
--------target_set_from_forest_2.Rd(952B)
--------runLimma.Rd(1KB)
--------ttopFormatter.Rd(570B)
--------t_table_metactivity_input_formater.Rd(518B)
--------compress_transporters.Rd(435B)
--------buildTree.Rd(296B)
--------limma_res_to_ttop_list.Rd(450B)
--------plotMetaboliteContribution.Rd(616B)
--------pathway_HM.Rd(456B)
--------forestMaker.Rd(348B)
--------condense_metabolite_set.Rd(1020B)
--------hello.Rd(128B)
--------ttop_list_to_log2FC_table.Rd(333B)
--------prepare_metabolite_set.Rd(688B)
--------translate_results.Rd(380B)
--------make_df_and_targets_great_again.Rd(940B)
--------nicePCA.Rd(2KB)
--------metactivity.Rd(666B)
--------checkInputs.Rd(316B)
--------prepare_regulon_df.Rd(701B)
----ocean_logo.001.png(107KB)
----data()
--------mapping_table.RData(3KB)
--------recon2_redhuman.RData(435KB)
--------network_supplements.RData(550B)
--------kegg_compounds.RData(1.12MB)
--------kegg_pathways.RData(70KB)
--------toy_targets.RData(331B)
--------tree_without_cofactors.RData(183KB)
--------toy_metabolomic_data.RData(13KB)
--------reaction_network.RData(43KB)
----NAMESPACE(883B)
----ocean_logo.pdf(8KB)
----LICENSE(34KB)
----ocean_0.1.0.tar.gz(7.88MB)
----.Rbuildignore(28B)
----tutorial_submodules.R(4KB)
----.gitignore(58B)
----R()
--------model_to_pathway.R(16KB)
--------plot_results.R(6KB)
--------limma_aux_functions.R(19KB)
--------metactivity_core_functions.R(9KB)
--------forest_builder_functions.R(4KB)
----DESCRIPTION(698B)
----README.md(2KB)