文件名称：alstructure:一个R包，该包实现了ALStructure算法，用于估计遗传种群结构的混合模型
文件大小：4.54MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-05 22:37:39
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结构 一个R包，该包实现了ALStructure算法，用于估计遗传种群结构的混合模型 相应的手稿： Irineo Cabreros和John D. Storey。 人口结构统一混合模型和主成分分析的非参数估计量。 bioRxiv ， //www.biorxiv.org/content/early/2017/12/29/240812 。 要在R中安装，请执行以下操作： library("devtools") install_github("storeylab/alstructure", build_vignettes=TRUE) 首先，请阅读插图： library("alstructure") vignette("ALStructure_workflow", package="alstructure")
【文件预览】：
alstructure-master
----ALStructure.Rproj(355B)
----vignettes()
--------ALStructure_workflow.Rmd(11KB)
--------refs.bib(4KB)
----NAMESPACE(179B)
----DESCRIPTION(560B)
----inst()
--------.DS_Store(10KB)
--------extdata()
----R()
--------main.R(5KB)
--------estimate.R(7KB)
--------sysdata.rda(3.93MB)
--------simulate.R(4KB)
--------visualize.html(698KB)
--------factor.R(11KB)
--------compare.R(7KB)
--------visualize.R(5KB)
--------measure.R(3KB)
----.Rbuildignore(28B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(619B)
----man.pdf(178KB)
----man()
--------estimate_d.Rd(751B)
--------mean_ABS.Rd(1017B)
--------RMSE.Rd(1KB)
--------compare_q.Rd(2KB)
--------simulate_admixture.Rd(2KB)
--------order_pops.Rd(2KB)
--------impute_mean.Rd(466B)
--------BN.Rd(1KB)
--------make_bed.Rd(1KB)
--------binomial_likelihood.Rd(829B)
--------best_perm.Rd(1KB)
--------D_binomial.Rd(869B)
--------cALS.Rd(3KB)
--------factor_F.Rd(2KB)
--------estimate_f.Rd(2KB)
--------alstructure_summary.Rd(679B)
--------rdirichlet.Rd(270B)
--------multiplot.Rd(571B)
--------ALStructure.Rd(4KB)
--------projsplx.Rd(873B)
--------lse.Rd(2KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(66B)
----.gitignore(539B)