poppr:package R包,用于对混合(克隆性)生殖种群进行遗传分析

时间:2024-05-24 02:31:00
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文件名称:poppr:package R包,用于对混合(克隆性)生殖种群进行遗传分析

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更新时间:2024-05-24 02:31:00

r multilocus-genotypes genetic-distances population-genetics multilocus-lineages

Poppr版本2 什么是poppr ? Poppr是一个R软件包,用于分析具有性和克隆繁殖混合模式的人群。 它围绕genind和genlight对象的框架构建,并提供以下实现: 在层次结构的多个级别中的任何一个级别上对人口进行克隆检查 方便的多基因座基因型计数和具有多个层次结构的种群子集 定义多基因座基因型 基因型多样性,均匀性,丰富性和稀疏性指标的计算 引导距离支持遗传距离的树状图的绘制 遗传距离的最小跨度网络图 关联指数的计算( ) 或者 ( ) 已安装R(≥2.15.1)的任何服务器上的批处理 微卫星(SSR)标记的Bruvo距离的计算(以C表示为速度) 从导入数据并导出到 2.0版的新功能: 基因组SNP数据处理 自定义多基因座基因型定义 通过遗传距离折叠多基因座谱系 计算网状最小跨度网络 计算跨snps的滑动窗口中的关联索引 MLG多样性统计的自举 和更多! 有关完整


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